> merged_data <- merge(file1, file2, by = "staxids_X", all.x = TRUE) Error in fix.by(by.y, y) : 'by' must specify a uniquely valid column
时间: 2024-03-02 17:50:57 浏览: 26
这个错误通常是由于合并的两个数据框中,指定的合并键值列名不唯一所引起的。请检查一下你的数据框中,是否有重复的列名或者是指定的合并键值列名不正确。你可以尝试使用以下代码来查看两个数据框的列名是否有重复或者是否存在拼写错误:
```
# 查看 file1 的列名
colnames(file1)
# 查看 file2 的列名
colnames(file2)
```
如果存在列名重复或者是拼写错误,可以通过修改列名的方式来解决。如果确定指定的合并键值列名正确,但仍然报错,请检查数据框中是否存在重复的合并键值。你可以使用以下代码来检查:
```
# 查看 file1 中是否存在重复的合并键值
any(duplicated(file1$staxids_X))
# 查看 file2 中是否存在重复的合并键值
any(duplicated(file2$staxids_X))
```
如果存在重复的合并键值,可以尝试去重或者选择其他列作为合并键值。
相关问题
> merged_data1 <- left_join(file1, file2, by = "staxids_X", all.x = TRUE) Error in `left_join()`: ! `...` must be empty. ✖ Problematic argument: • all.x = TRUE Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.是怎么回事
这个错误可能是因为 `left_join()` 函数的参数传递方式不正确导致的。`left_join()` 函数的第一个参数应该是左连接的数据框,第二个参数是右连接的数据框,第三个参数是连接的列名。在你的代码中,第一个参数和第二个参数之间使用了 `by` 参数,这并不符合函数的使用方式。另外,`all.x` 参数也应该作为 `left_join()` 函数的参数之一传递,而不是在 `by` 参数之后。
你可以尝试以下代码,将 `by` 和 `all.x` 参数分别传递给 `left_join()` 函数:
```
merged_data1 <- left_join(file1, file2, by = "staxids_X", all.x = TRUE)
```
如果问题仍然存在,请运行 `rlang::last_trace()` 命令以查看更详细的错误信息,以便更好地解决问题。
setwd("/Users/imac/Desktop/left_join") > > # 读取第一个 CSV 文件,将第一列列名改为ID > file1 <- read.csv("【1】output_summary.csv") > colnames(file1)[1] <- "ID" > > # 读取第二个 CSV 文件,并将其中与第一个 CSV 文件中列名相同的列重命名 > > > file2 <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/fullnamelineage.csv") Warning message: In scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : EOF within quoted string > > library(dplyr) > > # 将 file2 的数据根据 ID 列与 file1 进行左连接 > merged_data <- merge(file1, file2, by = "ID", all.x = TRUE) Error in fix.by(by.x, x) : 'by' must specify a uniquely valid column > 怎么回事
根据代码和错误信息分析,出现问题的是合并数据框的那行代码 `merged_data <- merge(file1, file2, by = "ID", all.x = TRUE)`。错误信息提示 "by' must specify a uniquely valid column",这是因为 `by` 参数指定的列 "ID" 在至少一个数据框中不是唯一的,导致无法进行合并。问题可能出在第二个 CSV 文件 "fullnamelineage.csv" 的读取上,因为代码中出现了一个警告信息 "EOF within quoted string",这意味着这个 CSV 文件存在格式错误或者缺少某些数据。建议检查并修复第二个 CSV 文件的问题,然后重新运行代码。