matlab批量转化nii为png

在MATLAB中，你可以使用Neuroimaging Toolbox来批量转换NII ( NeuroImage Interchange Format) 格式的脑部图像文件为PNG格式。首先，你需要安装并加载这个工具箱。以下是一个简单的步骤：

1. 安装Neuroimaging Toolbox：如果你还没有安装，可以访问MathWorks网站下载并按照说明安装。

2. 导入必要的库：

% 加载neuroimaging toolbox
if ~isToolboxInstalled('neuro')
    error('Please install the Neuroimaging Toolbox first.');
end
addpath(genpath(fullfile(matlabroot,'toolbox','neuro')))

3. 准备转换函数：

function convertNIFTOPNG(niftiFile, pngOutputFile)
    % 使用ni_read函数读取NII文件
    data = ni_read(niftiFile);
    
    % 将数据转换为灰度图，如果需要的话
    if size(data, 4) > 1
        data = mean(data, 4); % 取平均作为灰度图
    end
    
    % 创建PNG图像，并保存
    img = ind2rgb(uint8(data), jet(256)); % 灰度转颜色图
    imwrite(img, pngOutputFile);
end

4. 批量处理：创建一个包含所有NII文件路径的列表，然后遍历这个列表，对每个文件应用`convertNIFTOPNG`函数。

% 假设niiFiles是一个包含NII文件路径的cell数组
for i = 1:length(niiFiles)
    fileName = niiFiles{i};
    [baseName, ext] = fileparts(fileName); % 获取文件名和扩展名
    pngFileName = [baseName '.png']; % 新的PNG文件名
    convertNIFTOPNG(fileName, pngFileName);
end