pymol计算rmsd
时间: 2023-11-21 11:06:32 浏览: 133
在 PyMOL 中计算两个分子之间的 RMSD 可以使用 `align` 命令。假设两个分子的名称分别为 `mol1` 和 `mol2`,则可以按照以下步骤进行计算:
1. 将两个分子都加载到 PyMOL 中:
```
load mol1.pdb, mol1
load mol2.pdb, mol2
```
2. 对其中一个分子进行配准,使其与另一个分子的结构尽量相似:
```
align mol1, mol2
```
3. 计算 RMSD:
```
rms_cur = cmd.rms_cur(mol1, mol2)
print('RMSD = %.3f Å' % rms_cur[0])
```
`rms_cur` 是一个包含 RMSD 值的元组,第一个元素即为 RMSD 的数值。在输出结果时,使用了字符串格式化来将 RMSD 值插入到字符串中。这里使用了 `%.3f` 格式化字符串,表示保留三位小数的浮点数。
完整代码示例:
```python
import pymol
# 初始化 PyMOL
pymol.finish_launching()
# 加载分子
cmd.load('mol1.pdb', 'mol1')
cmd.load('mol2.pdb', 'mol2')
# 对 mol1 进行配准
cmd.align('mol1', 'mol2')
# 计算 RMSD
rms_cur = cmd.rms_cur('mol1', 'mol2')
print('RMSD = %.3f Å' % rms_cur[0])
```
注意:在使用 PyMOL 前,必须要先调用 `finish_launching()` 方法对其进行初始化。
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