解释一下这段代码mask_path = sorted(glob.glob("/home/xdluo/data/ACDC/image/*.nii.gz"))

时间: 2023-08-03 13:09:07 浏览: 70
这段代码使用了 `glob.glob` 函数来获取指定路径下的所有匹配指定模式的文件路径,并将这些路径按照字母顺序排序。 具体解释如下: - `glob.glob("/home/xdluo/data/ACDC/image/*.nii.gz")`:使用匹配模式 `/home/xdluo/data/ACDC/image/*.nii.gz`,找到以 `.nii.gz` 结尾的所有文件路径。 - `sorted()`:对获取到的文件路径进行排序,以确保它们按照字母顺序排列。 - `mask_path`:将排序后的文件路径存储在名为 `mask_path` 的变量中,供后续使用。 总之,这段代码用于获取指定路径下所有以 `.nii.gz` 结尾的文件,并按照字母顺序对它们进行排序,然后将排序后的文件路径存储在 `mask_path` 变量中。
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self.input_paths = sorted( glob(os.path.join(self.root, '{}/*_train.npy'.format("GB_data/Real/noise_data/" + Noise + "/train_data")))) self.label_paths = sorted( glob(os.path.join(self.root, '{}/*_lab.npy'.format("GB_data/Real/noise_data/" + Noise + "/train_lab")))) self.name = os.path.basename(root)

这是一个 Python 类的初始化函数,它接收一个参数 root,并利用 glob 和 os 模块来获取该路径下的文件路径,并将它们存储在类的属性 input_paths 和 label_paths 中。其中,input_paths 保存的是符合 "GB_data/Real/noise_data/{Noise}/train_data/*_train.npy" 模式的文件路径,label_paths 保存的是符合 "GB_data/Real/noise_data/{Noise}/train_lab/*_lab.npy" 模式的文件路径。同时,它还获取 root 目录的基本名称,并将其存储在类的属性 name 中。其中,{Noise} 是一个变量,表示噪声类型。该函数的作用是为后续的数据加载和处理过程提供必要的文件路径和信息。

# 最佳权重保存路径 BEST_MODEL_PATH = './best_model.h5'

好的,你可以将最佳权重保存路径添加到代码中,如下所示: ```python import numpy as np import tensorflow as tf import os # 加载数据集 with open('poems.txt', 'r', encoding='utf-8') as f: data = f.read() # 构建词典 vocab = sorted(set(data)) char2idx = {char: idx for idx, char in enumerate(vocab)} idx2char = np.array(vocab) # 将文本数据转换为数字 text_as_int = np.array([char2idx[c] for c in data]) # 定义训练数据和标签 seq_length = 100 examples_per_epoch = len(data) // (seq_length + 1) char_dataset = tf.data.Dataset.from_tensor_slices(text_as_int) sequences = char_dataset.batch(seq_length + 1, drop_remainder=True) def split_input_target(chunk): input_text = chunk[:-1] target_text = chunk[1:] return input_text, target_text dataset = sequences.map(split_input_target) BATCH_SIZE = 128 BUFFER_SIZE = 10000 dataset = dataset.shuffle(BUFFER_SIZE).batch(BATCH_SIZE, drop_remainder=True) # 构建模型 vocab_size = len(vocab) embedding_dim = 256 rnn_units = 1024 def build_model(vocab_size, embedding_dim, rnn_units, batch_size): model = tf.keras.Sequential([ tf.keras.layers.Embedding(vocab_size, embedding_dim, batch_input_shape=[batch_size, None]), tf.keras.layers.GRU(rnn_units, return_sequences=True, stateful=True, recurrent_initializer='glorot_uniform'), tf.keras.layers.Dense(vocab_size) ]) return model model = build_model( vocab_size=len(vocab), embedding_dim=embedding_dim, rnn_units=rnn_units, batch_size=BATCH_SIZE) # 定义损失函数 def loss(labels, logits): return tf.keras.losses.sparse_categorical_crossentropy(labels, logits, from_logits=True) # 编译模型 model.compile(optimizer='adam', loss=loss) # 定义检查点 checkpoint_dir = './training_checkpoints' checkpoint_prefix = os.path.join(checkpoint_dir, "ckpt_{epoch}") checkpoint_callback=tf.keras.callbacks.ModelCheckpoint( filepath=checkpoint_prefix, save_weights_only=True) # 定义最佳权重检查点 BEST_MODEL_PATH = './best_model.h5' best_checkpoint = tf.keras.callbacks.ModelCheckpoint(BEST_MODEL_PATH, monitor='val_loss', save_best_only=True, mode='min', save_weights_only=True) # 训练模型 EPOCHS = 50 history = model.fit(dataset, epochs=EPOCHS, callbacks=[checkpoint_callback, best_checkpoint]) # 生成诗歌 def generate_text(model, start_string): num_generate = 100 input_eval = [char2idx[s] for s in start_string] input_eval = tf.expand_dims(input_eval, 0) text_generated = [] temperature = 1.0 model.reset_states() for i in range(num_generate): predictions = model(input_eval) predictions = tf.squeeze(predictions, 0) predictions = predictions / temperature predicted_id = tf.random.categorical(predictions, num_samples=1)[-1,0].numpy() input_eval = tf.expand_dims([predicted_id], 0) text_generated.append(idx2char[predicted_id]) return (start_string + ''.join(text_generated)) # 加载检查点 model = build_model(vocab_size, embedding_dim, rnn_units, batch_size=1) model.load_weights(BEST_MODEL_PATH) model.build(tf.TensorShape([1, None])) # 生成一首诗 print(generate_text(model, start_string=u"山中")) ``` 现在,模型将保存最佳的权重到文件 `best_model.h5`。

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代码import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 创建保存路径 save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 加载数据集 data_path = 'D:/BaiduNetdiskDownload/LiTS2017' img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1') label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2') # 转换图像 for file in sorted(os.listdir(img_path)): if file.endswith('.nii'): img_file = os.path.join(img_path, file) img = nib.load(img_file).get_fdata() img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(img.shape[0]): img_slice = img[i, :, :] img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255 # 归一化到0-255 img_slice = img_slice.astype(np.uint8) img_slice = np.stack([img_slice]*3, axis=2) # 转换为三通道图像 img_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' img_file_save = os.path.join(save_path, 'image', img_name) Image.fromarray(img_slice).save(img_file_save) # 转换标签 for file in sorted(os.listdir(label_path)): if file.endswith('.nii'): label_file = os.path.join(label_path, file) label = nib.load(label_file).get_fdata() label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y for i in range(label.shape[0]): label_slice = label[i, :, :] label_slice[label_slice == 1] = 255 # 肝脏灰度值设为255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 肝脏肿瘤灰度值设为128 label_slice = label_slice.astype(np.uint8) label_name = file[:-4] + '' + str(i).zfill(3) + '.png' label_file_save = os.path.join(save_path, 'label', label_name) Image.fromarray(label_slice).save(label_file_save)出现scaled = scaled.astype(np.promote_types(scaled.dtype, dtype), copy=False) MemoryError错误,怎么修改?给出完整代码

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