predicted_surv <- predict(fit, newdata = validation, type = "response") predicted_surv <- exp(-predicted_surv) test_surv_obj <- Surv(validation$month, validation$OS) brier_score <- survdiff(test_surv_obj ~ predicted_surv)$chisq / length(predicted_surv) brier_score。解释下这些代码,为什么BRIER score是2
时间: 2024-01-24 15:20:34 浏览: 32
这些代码中,首先使用拟合的 Cox 模型 `fit` 对验证集 `validation` 进行预测,得到了每个样本的生存概率 `predicted_surv`。然后将生存概率转化为生存率,并利用 `test_surv_obj` 构建了一个生存对象。最后,通过 `survdiff` 函数计算出了 Brier 分数 `brier_score`。
Brier 分数是用来评估生存模型预测准确性的指标,它的取值范围为 0 到 1,值越小代表模型预测越准确。在这里,Brier 分数为 2,这说明模型的预测效果很差。
可能的原因包括模型的参数调整不够好,或者数据集本身存在较大的噪声。需要进一步分析数据和模型,找出问题所在并进行改进。
相关问题
报错:> predicted <- predict(model_2, newdata = new_data, type = "response") Error in eval(predvars, data, env) : object 'RH' not found
非常抱歉,之前的代码有误。错误提示说明在预测过程中找不到变量'RH'。
要确保预测过程中使用的新数据框`new_data`中包含模型训练时使用的所有预测变量。请确认在创建`new_data`时是否包含了所有必要的预测变量。
以下是修正后的代码示例:
```R
# 假设你的模型命名为model_2,包含预测变量TV07和RH
# 安装并加载visreg包
install.packages("visreg")
library(visreg)
# 创建一个包含TV07和RH的新数据框
new_data <- data.frame(TV07 = seq(min(df$TV07), max(df$TV07), length.out = 100),
RH = seq(min(df$RH), max(df$RH), length.out = 100))
# 预测TV07的效应
predicted <- predict(model_2, newdata = new_data, type = "response")
# 绘制TV07变量的效应图
plot(new_data$TV07, predicted, type = "l", xlab = "TV07", ylab = "All.cause", main = "Effect of TV07 on All.cause")
```
在上述代码中,我们假设模型`model_2`中有两个预测变量,即TV07和RH。我们创建一个新的数据框`new_data`,其中包含了TV07和RH两个变量,并使用与原始数据中相同的范围和长度生成序列。然后,我们使用`predict()`函数预测TV07的效应,并将结果存储在`predicted`向量中。最后,我们使用`plot()`函数绘制TV07变量的效应图。
请注意,你需要根据你的实际模型和数据框进行相应的修改。
非常抱歉之前的错误带来了不便。希望这次的回答能够满足你的需求。如果你有任何其他问题,请随时提问。
代码predicted_prob <- predict(model, newdata = test_data, type = "response") # 获取测试集的预测概率,报错Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “lp”, “fitted”, “fitted.ind”, “mean”, “x”, “data.frame”, “terms”, “cterms”, “ccterms”, “adjto”, “adjto.data.frame”, “model.frame”
这个错误通常是由于在predict函数中指定的参数type不符合要求导致的。根据错误信息,这个参数应该是以下选项之一:"lp", "fitted", "fitted.ind", "mean", "x", "data.frame", "terms", "cterms", "ccterms", "adjto", "adjto.data.frame", "model.frame"。
请确保你输入的参数值正确并与这些选项之一匹配。检查一下你的代码,看看是否正确地指定了参数值。通常情况下,对于计算AUC,你应该将type参数设置为"response"来获取预测的概率。
如果仍然存在问题,请提供你的相关代码,以便我能够更具体地帮助你解决这个问题。