predicted_surv <- predict(fit, newdata = validation, type = "response") predicted_surv <- exp(-predicted_surv) test_surv_obj <- Surv(validation$month, validation$OS) brier_score <- survdiff(test_surv_obj ~ predicted_surv)$chisq / length(predicted_surv) brier_score。解释下这些代码，为什么BRIER score是2

时间: 2024-01-24 18:20:34 浏览: 187
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KNN.rar_java k-nn_knn算法_weka k_weka knn

这些代码中，首先使用拟合的 Cox 模型 `fit` 对验证集 `validation` 进行预测，得到了每个样本的生存概率 `predicted_surv`。然后将生存概率转化为生存率，并利用 `test_surv_obj` 构建了一个生存对象。最后，通过 `survdiff` 函数计算出了 Brier 分数 `brier_score`。 Brier 分数是用来评估生存模型预测准确性的指标，它的取值范围为 0 到 1，值越小代表模型预测越准确。在这里，Brier 分数为 2，这说明模型的预测效果很差。 可能的原因包括模型的参数调整不够好，或者数据集本身存在较大的噪声。需要进一步分析数据和模型，找出问题所在并进行改进。
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1. **帧类型划分**：MPEG-2编码器首先会将输入的视频流分为I帧（Intra-coded frames）、P帧（Predicted frames）和B帧（Bidirectionally predicted frames）。I帧是无依赖性的图像，而P帧和B帧则依赖于前后的帧进行...

代码predicted_prob <- predict(model, newdata = test_data, type = "response") # 获取测试集的预测概率，报错Error in match.arg(type) : 'arg' should be one of “lp”, “fitted”, “fitted.ind”, “mean”, “x”, “data.frame”, “terms”, “cterms”, “ccterms”, “adjto”, “adjto.data.frame”, “model.frame”

这个错误通常是由于在predict函数中指定的参数type不符合要求导致的。根据错误信息，这个参数应该是以下选项之一："lp", "fitted", "fitted.ind", "mean", "x", "data.frame", "terms", "cterms", "ccterms", "adjto...

# 定义一个函数，将单个SNP数据转换为独热编码格式 encode_SNP <- function(SNP) { encoded_SNP <- rep(0, 4) # 创建一个全0向量用于存储编码后的SNP # 根据SNP值进行编码 if (SNP == "A") { encoded_SNP[1] <- 1 } else if (SNP == "C") { encoded_SNP[2] <- 1 } else if (SNP == "G") { encoded_SNP[3] <- 1 } else if (SNP == "T") { encoded_SNP[4] <- 1 } return(encoded_SNP) } # 进行独热编码 encoded_data <- t(apply(data, 1, function(row) unlist(sapply(row, encode_SNP)))) dim(encoded_data)这样编码后的独热向量怎么用于rrblup预测表型数据？能给出代码嘛？

predicted_phenotype <- predict(model, newdata = test_data) # 计算预测值和观测值之间的相关系数 cor(predicted_phenotype, test_data$phenotype) 需要注意的是，在将编码后的独热向量用于rrBLUP预测表型...

报错：> predicted <- predict(model_2, newdata = new_data, type = "response") Error in eval(predvars, data, env) : object 'RH' not found

predicted <- predict(model_2, newdata = new_data, type = "response") # 绘制TV07变量的效应图 plot(new_data$TV07, predicted, type = "l", xlab = "TV07", ylab = "All.cause", main = "Effect of TV07 on All...

def finallmainmodel1(self,): file=pd.read_csv(self.path) print(file.shape) print(len(file)) for i in range(1, (len(file) //64) + 2): # print(i) if (i *64) < len(file): predict_data = file.values[(i - 1) *64:i *64, 1:] predict_data = torch.from_numpy(predict_data) predict_data = predict_data.float() predict_data = predict_data.view(predict_data.shape[0], 1, 22, 22) predicted = self.predict(predict_data) for i in range(len(predicted)): if predicted[i]==12: self.predicted_all.append(0) else: self.predicted_all.append(1) else: predict_data = file.values[len(file)-64:len(file), 1:] predict_data = torch.from_numpy(predict_data) predict_data = predict_data.float() predict_data = predict_data.view(predict_data.shape[0], 1, 22, 22) predicted = self.predict(predict_data, False) for i in range(len(predicted)): if predicted[i] == 12: self.predicted_all.append(0) else: self.predicted_all.append(1)

这段代码是一个Python类中的一个方法。该方法的作用是从一个CSV文件中读取数据并进行一些处理。首先，使用pandas库中的read_csv方法读取CSV文件。然后，打印数据的维度和长度。接着，使用一个循环对数据进行处理。...

以下R代码：library(glmnet) library(ggplot2) # 生成5030的随机数据和30个变量 set.seed(1111) n <- 50 p <- 30 X <- matrix(runif(n * p), n, p) y <- rnorm(n) # 生成三组不同系数的线性模型 y = X1 + 2X2 + 3X3 + e, y = X11 + 2X22 + 3X33 + e, y = X21 + 2X22 + 3X23 + e beta1 <- c(rep(1, 3), rep(0, p - 3)) beta2 <- c(rep(0, 10), rep(1, 3), rep(0, p - 13)) beta3 <- c(rep(0, 20), rep(1, 3), rep(0, p - 23)) y1 <- X %% beta1 + rnorm(n) y2 <- X %% beta2 + rnorm(n) y3 <- X %% beta3 + rnorm(n) # 线性回归中分别计算三组的CV值 cv1 <- cv.glmnet(X, y1, alpha = 0) cv2 <- cv.glmnet(X, y2, alpha = 0) cv3 <- cv.glmnet(X, y3, alpha = 0) # 岭回归中计算三组的CV值并画图 ridge1 <- glmnet(X, y1, alpha = 0) ridge2 <- glmnet(X, y2, alpha = 0) ridge3 <- glmnet(X, y3, alpha = 0) # 分别绘制三组岭回归的图 # 绘制第一组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv1$glmnet.fit$lambda, cvm = cv1$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for First Model") # 绘制第一组预测误差图 yhat1 <- predict(ridge1, s = cv1$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat1), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for First Model") # 绘制第二组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv2$glmnet.fit$lambda, cvm = cv2$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Second Model") # 绘制第二组预测误差图 yhat2 <- predict(ridge2, s = cv2$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat2), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Second Model") # 绘制第三组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv3$glmnet.fit$lambda, cvm = cv3$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Third Model") # 绘制第三组预测误差图 yhat3 <- predict(ridge3, s = cv3$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat3), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Third Model")。问题出现在第一组交叉验证误差图的代码中，具体是在 data.frame(lambda = cv1$glmnet.fit$lambda, cvm = cv1$glmnet.fit$cvm) 这一行。可以看到，cv1$glmnet.fit$cvm 的值为空。所以请对原代码进行修正

可以将第一组线性模型的 cv.glmnet() 函数中的参数 alpha 改为 1，即 cv.glmnet(X, y1, alpha = 1)，因为当 alpha=0 时，glmnet() 函数使用的是岭回归，而不是lasso回归，因此没有cvm的值。当 alpha=1 时，使用的是...

1 Simulate a dataset containing continuous traits with given ℎ 2 . Split it into training and testing datasets with proportion 4 ∶ 1. set.seed(20132014) n <- 5000 p <- 1000 h <- c(0.2, 0.8)[1] # simulate genotype (not exactly) x_r <- matrix(rnorm(n * p), ncol = p) xmean <- matrix(rep(colMeans(x_r), n), ncol=p, byrow = TRUE) xsd <- matrix(rep(apply(x_r, 2, sd), n), ncol=p, byrow = TRUE) x <- (x_r - xmean)/xsd # ... 2 4 Calculate polygenic scores with both the marginnal and joint models on testing data. And compare their performance under low and high ℎ

Sure, here's the code to calculate polygenic scores with both the marginal and joint models on the testing data: R # perform Lasso on training set fit_joint <- glmnet(x_train, y_train, alpha = 1) ...

model <- gam(Y ~ s(X1)+s(X2)+s(X3)+s(X4), data = dat, family = gaussian) summary(model) cv_model <- cv.gam(model, K = 10) # K为交叉验证折数 summary(cv_model) # 预测值 library(ggeffects) pred <- ggpredict(model, terms = c("X1", "X2", "X3", "X4")) # 图像处理 # 绘制GAM图，可以使用ggplot2包： merged_list <- Reduce(function(x, y) c(x, y), list("X1", "X2", "X3", "X4")) gg.gam <- ggplot(pred, aes(x = x, y = predicted, color = predicted)) + geom_point(size = 3) + labs(x = "Predictor", y = "Output") + ggtitle("Output vs Predictor") + xlab("Predictor") + ylab("Output") + scale_color_gradient(low = "blue", high = "red", name = "Output") print(gg.gam)解释下x = "Predictor", y = "Output"之间的关系

在这段代码中，x代表模型中的自变量，包括X1、X2、X3和X4，而y代表模型的因变量Y的预测值。在绘制GAM图时，我们希望展示模型预测值与自变量之间的关系，因此将自变量作为x轴，预测值作为y轴。通过这种方式，我们可以...

逐句解释此代码超详细fit.logit<-glm(class~.,data=df.train,family=binomial()) summary(fit.logit) prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response") logit.pred<- factor(prob > .5,levels = c(FALSE,TRUE),labels=c("benign","malignant")) logit.perf<-table(df.validate$class,logit.pred, dnn=c("Actual","Predicted")) logit.perf

3. prob<-predict(fit.logit,df.validate,type="response")：这一行代码使用训练好的逻辑回归模型对df.validate数据集进行预测，type="response"表示预测的是概率值。 4. logit.pred<- factor(prob > .5,...

在运行以下R代码时：# 分别绘制三组岭回归的图 # 绘制第一组交叉验证误差图 ggplot(cv1$glmnet.fit$cvm, aes(x = seq_along(lambda), y = cvm)) + scale_x_reverse() + geom_line() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for First Model") # 绘制第一组预测误差图 yhat1 <- predict(ridge1, s = cv1$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat1), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for First Model") # 绘制第二组交叉验证误差图 ggplot(cv2$glmnet.fit$cvm, aes(x = seq_along(lambda), y = cvm)) + scale_x_reverse() + geom_line() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Second Model") # 绘制第二组预测误差图 yhat2 <- predict(ridge2, s = cv2$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat2), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Second Model") # 绘制第三组交叉验证误差图 ggplot(cv3$glmnet.fit$cvm, aes(x = seq_along(lambda), y = cvm)) + scale_x_reverse() + geom_line() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Third Model") # 绘制第三组预测误差图 yhat3 <- predict(ridge3, s = cv3$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat3), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Third Model")。发生以下问题：Error in geom_line(): ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in FUN(): ! object 'cvm' not found Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.。请对原代码进行修正

yhat1 <- predict(ridge1, s = cv1$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat1), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual ...

import pandas as pd import numpy as np # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('data.csv') # 将数据转换为 NumPy 数组 data = data.to_numpy() # 将数据重塑为三维数组 data = data.reshape((data.shape[0], data.shape[1] // 3, 3)) # 训练模型 model = cnn_model(input_shape=data.shape[1:]) model.fit(data, data, epochs=10, batch_size=32) # 对数据进行预测 predicted_data = model.predict(data) # 计算 SNR、MSE 和 PSNR snr = np.mean(np.square(data)) / np.mean(np.square(data - predicted_data)) mse = np.mean(np.square(data - predicted_data)) psnr = 10 * np.log10(np.max(data) ** 2 / mse) # 将预测结果保存为 CSV 文件 predicted_data = predicted_data.reshape((predicted_data.shape[0], -1)) pd.DataFrame(predicted_data).to_csv('predicted_data.csv', index=False)

这段代码主要是读取 CSV 文件，并将其转换为 NumPy 数组。然后将数据重塑为三维数组，并训练一个卷积神经网络模型。模型训练完成后，使用该模型对数据进行预测，并计算预测结果与原始数据之间的 SNR、MSE 和 PSNR。...

import numpy as np def sigmoid(z): return 1 / (1 + np.exp(-z)) def cost_function(theta, X, y): m = len(y) h = sigmoid(X @ theta) J = -(1/m) * (y.T @ np.log(h) + (1-y).T @ np.log(1-h)) grad = (1/m) * X.T @ (h - y) return J, grad def trust_region_newton_method(X, y, max_iter=100, eta=0.05, delta=0.1): n = X.shape[1] theta = np.zeros((n,1)) J, grad = cost_function(theta, X, y) H = np.eye(n) for i in range(max_iter): # solve trust region subproblem p = np.linalg.solve(H, -grad) if np.linalg.norm(p) <= delta: d = p else: d = delta * p / np.linalg.norm(p) # compute actual reduction and predicted reduction J_new, grad_new = cost_function(theta+d, X, y) actual_reduction = J - J_new predicted_reduction = -grad.T @ d - 0.5 * d.T @ H @ d # update trust region radius rho = actual_reduction / predicted_reduction if rho < 0.25: delta = 0.25 elif rho > 0.75 and np.abs(np.linalg.norm(d) - delta) < 1e-8: delta = min(2delta, eta*np.linalg.norm(theta)) # update parameters if rho > 0: theta += d J, grad = J_new, grad_new H += (grad_new - grad) @ (grad_new - grad).T / ((grad_new - grad).T @ d) # check convergence if np.linalg.norm(grad) < 1e-5: break return theta ——修正代码中的问题，实现信赖域算法求解逻辑回归问题

if np.linalg.norm(p) <= delta: d = p else: d = delta * p / np.linalg.norm(p) # compute actual reduction and predicted reduction J_new, grad_new = cost_function(theta+d, X, y) actual_reduction...

import pandas as pdfrom sklearn.ensemble import RandomForestClassifierfrom sklearn.metrics import accuracy_score, confusion_matrix# 读取数据data = pd.read_excel('data.xlsx')# 分割训练集和验证集train_data = data.sample(frac=0.8, random_state=1)test_data = data.drop(train_data.index)# 定义特征变量和目标变量features = ['feature1', 'feature2', 'feature3']target = 'target'# 训练随机森林模型rf = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=1)rf.fit(train_data[features], train_data[target])# 在验证集上进行预测并计算精度和混淆矩阵pred = rf.predict(test_data[features])accuracy = accuracy_score(test_data[target], pred)confusion_mat = confusion_matrix(test_data[target], pred)print('Accuracy:', accuracy)print('Confusion matrix:')print(confusion_mat)# 读取新数据文件并预测结果new_data = pd.read_excel('new_data.xlsx')new_pred = rf.predict(new_data[features])new_data['predicted_target'] = new_prednew_data.to_excel('predicted_results.xlsx', index=False)改进代码输出混淆矩阵图片

new_pred = rf.predict(new_data[features]) new_data['predicted_target'] = new_pred new_data.to_excel('predicted_results.xlsx', index=False) 需要注意的是，为了输出混淆矩阵图片，我们需要导入...

def _grow_tree(self, X, y, depth=0): num_samples_per_class = [np.sum(y == i) for i in range(self.n_classes_)] predicted_class = np.argmax(num_samples_per_class) node = Node(predicted_class=predicted_class) if depth < self.max_depth: idx, thr = self._best_split(X, y) if idx is not None: indices_left = X[:, idx] < thr X_left, y_left = X[indices_left], y[indices_left] X_right, y_right = X[~indices_left], y[~indices_left] node.feature_index = idx node.threshold = thr node.left = self._grow_tree(X_left, y_left, depth + 1) node.right = self._grow_tree(X_right, y_right, depth + 1) return node def _predict(self, inputs): node = self.tree_ while node.left: if inputs[node.feature_index] < node.threshold: node = node.left else: node = node.right return node.predicted_class class Node: def __init__(self, *, predicted_class): self.predicted_class = predicted_class self.feature_index = 0 self.threshold = 0 self.left = None self.right = None解释这段代码

2. _predict(self, inputs)：根据输入数据进行分类的方法，其中 inputs 是用于分类的输入特征向量。它使用当前节点的特征索引和阈值判断输入数据应该进入左子树还是右子树，直到找到叶子节点为止，最终返回叶子...

还是报错：> # 创建一个包含TV07的新数据框 new_data <- data.frame(TV07 = seq(min(df$TV07), max(df$TV07))) Err

predicted <- predict(model_2, newdata = new_data) # 绘制TV07变量的效应图 plot(new_data$TV07, predicted, type = "l", xlab = "TV07", ylab = "All.cause", main = "Effect of TV07 on All.cause") 在...
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深入浅出：自定义 Grunt 任务的实践指南

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资源摘要信息:"多点路径规划matlab代码-mutationdocker:变异码头工人" ### 知识点概述 #### 多点路径规划与网络物理突变工具 多点路径规划指的是在网络环境下，对多个路径点进行规划的算法或工具。该工具可能被应用于物流、运输、通信等领域，以优化路径和提升效率。网络物理系统（CPS，Cyber-Physical System）结合了计算机网络和物理过程，其中网络物理突变工具是指能够修改或影响网络物理系统中的软件代码的功能，特别是在自动驾驶、智能电网、工业自动化等应用中。 #### 变异与Mutator软件工具 变异（Mutation）在软件测试领域是指故意对程序代码进行小的改动，以此来检测程序测试用例的有效性。mutator软件工具是一种自动化的工具，它能够在编程文件上执行这些变异操作。在代码质量保证和测试覆盖率的评估中，变异分析是提高软件可靠性的有效方法。 #### Mutationdocker Mutationdocker是一个配置为运行mutator的虚拟机环境。虚拟机环境允许用户在隔离的环境中运行软件，无需对现有系统进行改变，从而保证了系统的稳定性和安全性。Mutationdocker的使用为开发者提供了一个安全的测试平台，可以在不影响主系统的情况下进行变异测试。 #### 工具的五个阶段 网络物理突变工具按照以下五个阶段进行操作： 1. **安装工具**：用户需要下载并构建工具，具体操作步骤可能包括解压文件、安装依赖库等。 2. **生成突变体**：使用`./mutator`命令，顺序执行`./runconfiguration`（如果存在更改的config.txt文件）、`make`和工具执行。这个阶段涉及到对原始程序代码的变异生成。 3. **突变编译**：该步骤可能需要编译运行环境的配置，依赖于项目具体情况，可能需要执行`compilerun.bash`脚本。 4. **突变执行**：通过`runsave.bash`脚本执行变异后的代码。这个脚本的路径可能需要根据项目进行相应的调整。 5. **结果分析**：利用MATLAB脚本对变异过程中的结果进行分析，可能需要参考文档中的文件夹结构部分，以正确引用和处理数据。 #### 系统开源 标签“系统开源”表明该项目是一个开放源代码的系统，意味着它被设计为可供任何人自由使用、修改和分发。开源项目通常可以促进协作、透明性以及通过社区反馈来提高代码质量。 #### 文件名称列表 文件名称列表中提到的`mutationdocker-master`可能是指项目源代码的仓库名，表明这是一个主分支，用户可以从中获取最新的项目代码和文件。 ### 详细知识点 1. **多点路径规划**是网络物理系统中的一项重要技术，它需要考虑多个节点或路径点在物理网络中的分布，以及如何高效地规划它们之间的路径，以满足例如时间、成本、距离等优化目标。 2. **突变测试**是软件测试的一种技术，通过改变程序中的一小部分来生成变异体，这些变异体用于测试软件的测试用例集是否能够检测到这些人为的错误。如果测试用例集能够正确地识别出大多数或全部的变异体，那么可以认为测试用例集是有效的。 3. **Mutator软件工具**的使用可以自动化变异测试的过程，包括变异体的生成、编译、执行和结果分析。使用此类工具可以显著提高测试效率，尤其是在大型项目中。 4. **Mutationdocker的使用**提供了一个简化的环境，允许开发者无需复杂的配置就可以进行变异测试。它可能包括了必要的依赖项和工具链，以便快速开始变异测试。 5. **软件的五个操作阶段**为用户提供了清晰的指导，从安装到结果分析，每个步骤都有详细的说明，这有助于减少用户在使用过程中的困惑，并确保操作的正确性。 6. **开源系统的特性**鼓励了代码共享、共同开发和创新，同时也意味着用户可以通过社区的力量不断改进软件工具，这也是开源项目可持续发展的核心。 通过以上描述和知识点的展开，我们可以了解到多点路径规划matlab代码-mutationdocker:变异码头工人是一个涵盖了网络物理系统、变异测试、自动化软件工具以及开源精神的综合性项目。它通过一系列操作流程为用户提供了一个高效和稳定的代码测试环境，并且以开源的形式促进了软件测试技术的共享和创新。
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"互动学习：行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动，互动学习以行动为中心的强化学习学会互动，互动学习，以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授：智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授，大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授，Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士，Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先，我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔，"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲，你知道在这篇论文的（许多）错误中，你是我可以依
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