修改代码smiles_list = df['SMILES'].tolist()为一个多维向量,使其中每一行数据都运行desc_fp = from_smiles('', fingerprints=True)这个函数
时间: 2024-10-23 17:14:20 浏览: 7
Python库 | from_smiles_step-2021.2.4-py3.7.egg
如果你想将DataFrame `df` 中的 'SMILES' 列转换为一个多维向量,并对每个字符串应用 `from_smiles` 函数并将结果存储为指纹向量,你需要遍历每一行的 SMILES 数据并逐个处理。这里有一个例子如何实现:
```python
import pandas as pd
# 假设desc_fp函数需要单独的SMILES字符串作为输入
def process_smiles(smiles):
desc_fp = from_smiles(smiles, fingerprints=True)
return desc_fp
# 获取SMILES列表
smiles_list = df['SMILES'].tolist()
# 将列表转换为二维列表,以便逐行处理
multi_dim_vector = [process_smiles(smile) for smile in smiles_list]
# 或者如果你想要将所有fp组合成一个二维数组
all_desc_fps = np.array(multi_dim_vector)
# 现在 multi_dim_vector 或 all_desc_fps 都包含了对每个 SMILES 应用指定函数后的指纹向量
```
注意:在这个例子中,我假设了一个名为`from_smiles`的函数存在并且接受一个SMILES字符串和一个布尔值(fingerprints)。如果有其他参数或命名规则,请相应地调整代码。
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