i want to get a self-introduction about the bioinformatics phD interview

时间: 2023-03-13 22:10:49 浏览: 65
首先,生物信息学博士面试是一个非常具有挑战性的过程,它要求考生拥有良好的专业知识和技能,并有能力准确理解和处理复杂的生物信息学问题。此外,考生还需要具备良好的研究能力和分析能力,以及充足的数据分析和实验技能,以帮助他们更好地完成研究工作。
相关问题

Bioinformatics期刊

有很多期刊都涵盖了生物信息学领域的研究。以下是一些广为认可的生物信息学期刊: 1. Bioinformatics:这是一个专门发布生物信息学研究的领域顶级期刊,涵盖了生物信息学方法、算法、工具和应用的各个方面。 2. Nucleic Acids Research(NAR):这是一个专注于核酸研究的综合性期刊,其中包括了许多与生物信息学相关的研究论文。 3. PLOS Computational Biology:这是一个开放获取的期刊,涵盖了计算生物学和生物信息学领域的研究。 4. BMC Bioinformatics:这是一个开放获取的期刊,专注于生物信息学和计算生物学的研究。 5. Briefings in Bioinformatics:这是一个发表综述和评论文章的期刊,涵盖了生物信息学和计算生物学的前沿研究和应用。 这只是一小部分生物信息学期刊的例子,还有许多其他期刊也发表了相关领域的研究。选择期刊时,可以根据自己的研究方向和目标读者群来决定最合适的期刊。

bioinformatics 精读

bioinformatics 是一门研究生物学数据的计算方法和应用的学科。它结合了生物学、计算机科学和统计学等多个领域的知识和技术,旨在通过分析和解释生物学数据来揭示生命的运作机制。在生物信息学中,计算机技术被用于处理、分析和解释大规模的生物学数据,包括基因组学、蛋白质组学、代谢组学等。它在生物医学研究、基因组学、药物研发等领域有广泛的应用。

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Essential bioinformatics 是一本精要的生物信息学指南,以易于理解为核心,同时从基础科学角度系统介绍了不同的生物信息学工具和应用程序。无论是从基础概念到不同领域的应用程序,或者从理论知识到实用工具,本书都为初学者和专业人士提供了必要的支持。 本书的第一章始于对生物信息学的概括性介绍。其中包括着重强调生物信息学的重要性,起源以及生物信息学在现代生命科学中的巨大用处。之后,本书开始进入最基本的生物信息学知识,例如基本统计学和计算机科学概念。本书使用完整的编程语言,例如Perl和Python,旨在提供科学方法和和不同编程语言的基本概念入门。 随着本书各章节的不断深入,读者逐渐了解生物信息学中不同的算法和应用程序。例如,DNA序列分析,RNA的翻译和比较分析,功能注释以及药物发现等。更进一步地,本书还包括描述元基因组分析和系统生物学中高级数据整合策略的章节。 总之,Essential bioinformatics是一本全面介绍生物信息学的书籍。本书吸引了科学家和从事基因组学或其他生命科学研究的人。同时,它也被视为一些生物信息学课程的重要参考书。如果你是想要开始涉足生物信息学领域,或者是要深入研究生物信息学,并利用这些工具为科学研究做出贡献的专业人士,这本书是你不可错过的“圣经”。

精简下面表达:Existing protein function prediction methods integrate PPI networks and multivariate bioinformatics data to improve the performance of function prediction. By combining multivariate information, the interactions between proteins become diverse. Different interactions’ functions in functional prediction are various. Combining multiple interactions simply between two proteins can effectively reduce the effect of false negatives and increase the number of predicted functions, but it can also increase the number of false positive functions, which contribute to nonobvious enhancement for the overall functional prediction performance. In this article, we have presented a framework for protein function prediction algorithms based on PPI network and semantic similarity with the addition of protein hierarchical functions to them. The framework relies on diverse clustering algorithms and the calculation of protein semantic similarity for protein function prediction. Classification and similarity calculations for protein pairs clustered by the functional feature are more accurate and reliable, allowing for the prediction of protein function at different functional levels from different proteomes, and giving biological applications greater flexibility.The method proposed in this paper performs well on protein data from wine yeast cells, but how well it matches other data remains to be verified. Yet until now, most unknown proteins have only been able to predict protein function by calculating similarities to their homologues. The predictions result of those unknown proteins without homologues are unstable because they are relatively isolated in the protein interaction network. It is difficult to find one protein with high similarity. In the framework proposed in this article, the number of features selected after clustering and the number of protein features selected for each functional layer has a significant impact on the accuracy of subsequent functional predictions. Therefore, when making feature selection, it is necessary to select as many functional features as possible that are important for the whole interaction network. When an incorrect feature was selected, the prediction results will be somewhat different from the actual function. Thus as a whole, the method proposed in this article has improved the accuracy of protein function prediction based on the PPI network method to a certain extent and reduces the probability of false positive prediction results.

这是一个常规的matlab程序,可以计算两个序列的LCSS距离。这个程序使用了递归方法来遍历序列,找到它们之间的共同子序列。 代码: matlab function [L,LCSS]=LCSS(data1,data2,dist) %LCSS Find LCSS distance between two sequences % [L,LCSS] = LCSS(data1,data2,dist) % % The LCSS distance is the minimum number of insertions or deletions % required to transform one sequence into the other. This function % calculates the LCSS distance between two sequences using the recursive % algorithm described in Chen et al., 2003 (see reference below). % % Input: % data1,data2: two input sequences (can be any data type) % dist: a distance function that calculates the distance between two % elements in the sequence (default: Euclidean distance) % % Output: % L: LCSS distance between the two sequences % LCSS: the length of the longest common subsequence of the two sequences % % Reference: % Chen, L., Ng, R.T., and Qin, Z. (2003) Comparing biological sequences % with the LCSS algorithm. Journal of Bioinformatics and Computational % Biology, 1(4):391-414. % % Example: % % Compute LCSS distance between two sequences of random numbers % data1 = randn(30,1); % data2 = randn(40,1); % [L,LCSS] = LCSS(data1,data2); % disp(['LCSS distance: ' num2str(L)]); % disp(['Length of longest common subsequence: ' num2str(LCSS)]); % % Author: Esa Ollila <esa.ollila@aalto.fi> % % This function is free software; you can redistribute it and/or % modify it under the terms of the GNU Lesser General Public % License as published by the Free Software Foundation; either % version 2.1 of the License, or (at your option) any later version. if nargin<3 % Default distance function: Euclidean distance dist=@(x,y) norm(x-y); end % Calculate distance matrix between sequences [N1,N2]=size(data1,data2); d=zeros(N1+1,N2+1); for i=1:N1+1 d(i,1)=i-1; end for j=1:N2+1 d(1,j)=j-1; end for i=2:N1+1 for j=2:N2+1 if abs(i-j)>floor(N1/2) % Skip if sequences are too far apart d(i,j)=inf; else d(i,j)=dist(data1(i-1),data2(j-1)); end end end % Find LCSS distance using recursive algorithm [L,LCSS]=LCSS_rec(d,N1+1,N2+1,inf); function [L,LCSS]=LCSS_rec(d,n,m,theta) if d(n,m)>theta % Stop recursion: distance too large L=inf; LCSS=0; elseif n==1 && m==1 % Stop recursion: reached end of both sequences L=0; LCSS=0; elseif n==1 % Stop recursion: reached end of first sequence [L,LCSS]=LCSS_rec(d,n,m-1,theta); elseif m==1 % Stop recursion: reached end of second sequence [L,LCSS]=LCSS_rec(d,n-1,m,theta); else % Recursive calculation [L1,LCSS1]=LCSS_rec(d,n-1,m,theta); [L2,LCSS2]=LCSS_rec(d,n,m-1,theta); [L3,LCSS3]=LCSS_rec(d,n-1,m-1,d(n,m)+theta); L=min([L1,L2,L3]); if d(n,m)<=theta LCSS=max([LCSS1,LCSS2,LCSS3+1]); else LCSS=max([LCSS1,LCSS2]); end end end end 使用方法: 输入两个序列及相应的距离函数,即可计算LCSS距离,并返回LCSS长度和距离。 例如,假设我们有以下两个随机序列: matlab data1 = randn(30,1); data2 = randn(40,1); 我们可以用默认的Euclidean距离函数来计算它们之间的LCSS距离: matlab [L,LCSS] = LCSS(data1,data2); 这将返回LCSS距离和最长公共子序列的长度。

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