用R绘制单个样本OTU注释圈图方法和代码
时间: 2024-03-01 18:52:50 浏览: 19
用R绘制单个样本OTU注释圈图的方法和代码如下:
1. 准备数据
首先需要准备 OTU 数据,包括各 OTU 的相对丰度和注释信息。数据可以存储在一个表格文件中,其中一列为 OTU 相对丰度,其他列为注释信息。
2. 安装和加载必要的 R 包
需要安装和加载以下 R 包:ggplot2, circlize, reshape2。
```R
install.packages("ggplot2")
install.packages("circlize")
install.packages("reshape2")
library(ggplot2)
library(circlize)
library(reshape2)
```
3. 数据处理
首先需要将注释信息转换为一个矩阵,每一行为一个 OTU,每一列为一个注释信息。然后将矩阵转换为长格式,便于后续绘图。
```R
# 将 OTU 注释信息转换为矩阵
anno_matrix <- as.matrix(otu_data[, -1]) # 第一列为 OTU 相对丰度,不需要
# 将矩阵转换为长格式
anno_long <- melt(anno_matrix)
anno_long$OTU <- rownames(anno_matrix)
names(anno_long) <- c("OTU", "Annotation", "Value")
```
4. 绘制圈图
使用 circlize 包中的 circos.plot() 函数绘制圈图,并使用 ggplot2 包中的 geom_tile() 函数添加注释信息。
```R
# 绘制圈图
circos.plot(otu_data[, 1], type = "l", ylim = c(0, 1), sector.width = pi/6)
# 添加注释信息
ggplot(anno_long, aes(x = Annotation, y = OTU, fill = Value)) +
geom_tile() +
scale_fill_gradient(low = "white", high = "blue") +
coord_flip() +
theme_void() +
theme(axis.text.y = element_text(size = 5, hjust = 1))
```
5. 完整代码
```R
# 安装和加载必要的 R 包
install.packages("ggplot2")
install.packages("circlize")
install.packages("reshape2")
library(ggplot2)
library(circlize)
library(reshape2)
# 准备数据
otu_data <- read.table("otu_data.txt", header = TRUE, sep = "\t")
# 将 OTU 注释信息转换为矩阵
anno_matrix <- as.matrix(otu_data[, -1]) # 第一列为 OTU 相对丰度,不需要
# 将矩阵转换为长格式
anno_long <- melt(anno_matrix)
anno_long$OTU <- rownames(anno_matrix)
names(anno_long) <- c("OTU", "Annotation", "Value")
# 绘制圈图
circos.plot(otu_data[, 1], type = "l", ylim = c(0, 1), sector.width = pi/6)
# 添加注释信息
ggplot(anno_long, aes(x = Annotation, y = OTU, fill = Value)) +
geom_tile() +
scale_fill_gradient(low = "white", high = "blue") +
coord_flip() +
theme_void() +
theme(axis.text.y = element_text(size = 5, hjust = 1))
```