计算PET脑nii图像分割白质的Dice系数代码
时间: 2023-05-28 08:05:07 浏览: 189
计算图像分割指标 代码
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以下是计算PET脑nii图像分割白质的Dice系数的Python代码示例:
```python
import numpy as np
import nibabel as nib
def dice_coef(im1, im2):
"""
计算Dice系数
:param im1: 分割结果
:param im2: 参考标准
:return: Dice系数
"""
intersection = np.sum(im1 * im2)
return (2. * intersection) / (np.sum(im1) + np.sum(im2))
# 读取PET脑nii图像和分割结果
img = nib.load('pet_brain.nii')
seg = nib.load('pet_brain_seg.nii')
# 获取图像数据
img_data = img.get_fdata()
seg_data = seg.get_fdata()
# 提取白质部分
white_matter = (seg_data == 2).astype(int)
# 计算Dice系数
dice = dice_coef(white_matter, img_data)
print('Dice系数为:', dice)
```
注:以上代码仅为示例,具体实现可能需要根据实际数据格式和需求进行调整。
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