download_eggnog_data.py: error: unrecognized arguments: euk bact arch viruses

我可以回答这个问题。这个错误是由于 download_eggnog_data.py 脚本中输入的参数不正确导致的。具体来说，euk、bact、arch 和 viruses 都是不被识别的参数。你需要检查一下脚本的使用说明，确保输入的参数是正确的。

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如何使用 download_eggnog_database.py 脚本进行下载数据库

download_eggnog_database.py 是一个 Python 脚本，用于下载 eggnog_proteins.dmnd 数据库。你需要按照以下步骤进行下载：

1. 在终端中进入到 download_eggnog_database.py 所在的目录。

2. 运行以下命令来下载数据库：

   python download_eggnog_database.py

这将会下载一个 ~1G 的压缩文件 eggnog_proteins.dmnd.gz。

3. 下载完成后，运行以下命令对压缩文件进行解压：

   gunzip eggnog_proteins.dmnd.gz

这将会解压出 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件。

4. 将下载的 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件的路径指定到 emapper.py 命令中。

   emapper.py -i '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/prodigal_outdir/prodigal_outdir.faa' -o '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/emaper_outdir' DIAMOND database /path/to/eggnog_proteins.dmnd

将 /path/to/ 替换为实际的 eggnog_proteins.dmnd 文件所在的路径。

linux下如何使用 download_eggnog_database.py 脚本进行下载数据库

在 Linux 下使用 download_eggnog_database.py 脚本进行数据库下载的步骤与在 Windows 下基本相同，只是在命令行中使用 Python 命令运行脚本时可能需要使用 python3 命令来代替 python 命令。具体步骤如下：

1. 在终端中进入到 download_eggnog_database.py 所在的目录。

2. 运行以下命令来下载数据库：

   python3 download_eggnog_database.py

这将会下载一个 ~1G 的压缩文件 eggnog_proteins.dmnd.gz。

3. 下载完成后，运行以下命令对压缩文件进行解压：

   gunzip eggnog_proteins.dmnd.gz

这将会解压出 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件。

4. 将下载的 eggnog_proteins.dmnd 数据库文件的路径指定到 emapper.py 命令中。

   emapper.py -i '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/prodigal_outdir/prodigal_outdir.faa' -o '/mnt/hgfs/H/DATA/fq/HB-022/emaper_outdir' DIAMOND database /path/to/eggnog_proteins.dmnd

将 /path/to/ 替换为实际的 eggnog_proteins.dmnd 文件所在的路径。