outTab=CIBERSORT("ref.txt", inputFile, perm=1000, QN=T) Error in h(simpleError(msg, call)) : 在为'sort'函数选择方法时评估'x'参数出了错: Model is empty! Called from: h(simpleError(msg, call)) Browse[1]>

这个错误提示表明在执行CIBERSORT函数时出现了错误，具体错误原因可能与输入的参数有关。其中"Model is empty!"的错误提示可能意味着CIBERSORT函数无法建立模型，导致函数无法正常工作。建议检查输入的参数是否正确，并确保输入的数据可以被CIBERSORT函数正确解析。如果问题仍然存在，可以尝试查询CIBERSORT函数的文档或寻求相关领域的专业支持。

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if(!file.exists(f)){ #devtools:: install_github ("Moonerss/CIBERSORT") library(CIBERSORT) lm22f = system.file("extdata", "LM22.txt", package = "CIBERSORT") TME.results = cibersort(lm22f, "exp.txt" , perm = 1000, QN = T) save(TME.results,file = f) } load(f) TME.results[1:4,1:4]

根据您提供的代码片段，这是一段 R 代码。该代码的作用是检查一个名为 `f` 的文件是否存在，如果不存在，则从 GitHub 上安装 `CIBERSORT` 包并加载它，然后使用 `cibersort()` 函数对数据进行 CIBERSORT 分析，并将结果存储到文件 `f` 中。如果文件 `f` 存在，则直接加载其中的结果并输出前 4 行和前 4 列。

具体而言，该代码使用 `system.file()` 函数获取 `LM22.txt` 文件的路径，并将其与名为 `exp.txt` 的表达数据一起传递给 `cibersort()` 函数，使用 `perm = 1000` 参数设置重排次数为 1000，使用 `QN = T` 参数执行表达数据的量化归一化。

最后，代码使用 `save()` 函数将结果保存到文件中，并使用 `load()` 函数加载文件中的结果，再使用索引选取前 4 行和前 4 列的子集并输出。

ciber <- CIBERSORT(sig_matrix = "E:/GSVA/CIBERSORT/LM22.txt", + mixture_file = "E:/GSVA/TCGA_SKCM.exp.txt", + perm = 100, + QN = TRUE) Error in write.table(rbind(header, output), saveLocation, sep = "\t", : argument "saveLocation" is missing, with no default

这个错误是因为在你的代码中，`write.table`函数需要一个参数`saveLocation`，但是你没有提供它。你需要指定要将结果写入的文件路径和文件名，例如：

write.table(rbind(header, output), "output.txt", sep = "\t")

在这个例子中，结果将被写入名为"output.txt"的文件中。你可以根据你的需要更改文件路径和文件名。