Error in `geom_boxplot()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'gene_expression' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
时间: 2024-03-19 17:45:23 浏览: 134
这个错误提示表明 `gene_expression` 变量未被找到。这可能是因为你的数据框中没有名为 `gene_expression` 的列,或者你没有正确指定列的名称。
在你的代码中,你需要将 `gene_expression` 替换为正确的列名。例如,如果你的数据框中包含名为 `log2_CPM` 的列,则应将 `gene_expression` 替换为 `log2_CPM`。你的代码应该类似于:
```r
library(ggplot2)
# 加载数据
data <- read.table("gene_expression.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 绘制箱线图
p <- ggplot(data, aes(x = sample, y = log2_CPM)) +
geom_boxplot()
print(p)
```
在这个例子中,我们假设数据框中包含名为 `log2_CPM` 的列,它包含基因表达值。我们使用 `aes()` 函数指定 `x` 和 `y` 变量,其中 `y` 变量为 `log2_CPM`。最后,我们使用 `geom_boxplot()` 函数添加一个箱线图。
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print(p) Error in `geom_boxplot()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'CPM' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
这个错误提示表明 `CPM` 变量未被找到。这可能是因为你的数据框中没有名为 `CPM` 的列,或者你没有正确指定列的名称。
在你的代码中,你可能需要将 `log2(CPM+1)` 替换为正确的列名。例如,如果你的数据框中包含名为 `gene_expression` 的列,则应将 `log2(CPM+1)` 替换为 `gene_expression`。你的代码应该类似于:
```r
library(ggplot2)
# 加载数据
data <- read.table("gene_expression.txt", header = TRUE, row.names = 1)
# 绘制箱线图
p <- ggplot(data, aes(x = sample, y = gene_expression)) +
geom_boxplot()
print(p)
```
在这个例子中,我们假设数据框中包含名为 `gene_expression` 的列,它包含基因表达值。我们使用 `aes()` 函数指定 `x` 和 `y` 变量,其中 `y` 变量为 `gene_expression`。最后,我们使用 `geom_boxplot()` 函数添加一个箱线图。
Error in `geom_line()`: ! Problem while computing aesthetics. ℹ Error occurred in the 1st layer. Caused by error in `FUN()`: ! object 'X' not found Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.
这个错误信息表明,在使用ggplot2函数绘图时出现了错误。其中,首先出现了一个错误,表示在计算美学时出现了问题,具体是在`geom_line()`函数中。紧接着出现了一个警告,表示错误发生在第一层图层。错误的原因是在计算美学时出现了问题,可能是由于`X`对象没有找到。建议使用`rlang::last_trace()`函数查看错误发生的位置并进行排查。常见的问题包括:
- 代码中没有定义`X`对象;
- 数据源中没有包含`X`列;
- `X`列名被错误地写成了其他名称;
- `X`列中包含了缺失值或非数值数据,导致绘图错误。
需要根据具体情况进行排查。以下是可能的代码修改:
```
ggplot(data, aes(x = X, y = Y, group = Group)) +
geom_line(aes(color = Group)) +
geom_point(size = 3, aes(color = Group)) +
scale_color_brewer(palette = "Set1") +
ylab("biomass (g)") +
facet_grid('. ~ 处理2')
```
在修改后的代码中,`X`列被正确地定义在`aes()`函数中,并且`group`参数被添加到`aes()`函数中。同时,`geom_text()`函数被删除,因为这可能不是必要的。如果问题还未解决,建议使用`rlang::last_trace()`函数查看错误发生的位置并进行排查。