score_matrix = getScoreMatrix(sequences = hit_sequences) Error during wrapup: NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 10) Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart Browse[1]>

这个错误通常是因为矩阵中包含了无限或NaN数值。您可以通过检查数据来找出哪些值导致了这个错误。

建议您检查一下输入到 getScoreMatrix() 函数中的 hit_sequences，确保其中没有NaN或Inf数值。您可以使用以下代码来检查矩阵中是否存在NaN或Inf值：

any(is.nan(score_matrix)) 
any(is.infinite(score_matrix))

如果检查后发现存在NaN或Inf值，您可以考虑将这些值替换为其他数值，或者删除包含这些值的行或列。如果您仍然无法解决问题，您可以尝试使用调试器来识别和解决问题，或者寻求其他人的帮助。

相关问题

AA_percentage = getAApercentage(sequences = hit_sequences) Error during wrapup: 'by'必需指定唯一有效的列 Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart Browse[1]>

这个错误提示看起来是在使用 R 语言时出现的。根据错误提示，似乎是在对数据进行操作时缺少了必要的参数。具体来说，"by" 参数需要指定一个有效的列名。

我建议你检查一下你的代码，看看在调用函数 getAApercentage() 时是否正确地指定了 "by" 参数。你可以查看函数的文档或者样例代码，来确定正确的参数格式和使用方法。如果你还是无法解决问题，可以提供更多的代码和上下文信息，我可以帮你更详细地分析问题。

seq_alignment(sequences = hit_sequences) Error during wrapup: unused argument (sequences = hit_sequences) Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart报错解决办法

这个错误是由于在调用函数 seq_alignment() 时，传递了一个名为 sequences 的参数，但是该函数并没有定义这个参数。因此，您需要检查函数定义，并确保传递给函数的参数与函数定义中指定的参数匹配。

如果您确定函数确实应该接受一个名为 sequences 的参数，则可能是因为该函数的定义已经更改，但是您的代码没有相应地更新。在这种情况下，您需要更新代码以反映函数的新定义。

另外，根据错误信息，似乎还存在其他错误，您可能需要查看完整的错误信息以找到其他问题并解决它们。如果您无法解决这些错误，您可以尝试使用调试器来识别和解决问题，或者寻求其他人的帮助。