shell编程读取一个fasta序列，输出小于氨基酸序列小于150的序列

你可以使用下面的shell脚本来实现：

#!/bin/bash

while read line
do
    if [[ ${line:0:1} == '>' ]]
    then
        if [[ ! -z $seq && $seqlen -le 150 ]]
        then
            echo -e "$header\n$seq"
        fi
        header=$line
        seq=''
        seqlen=0
    else
        seq=$seq$line
        seqlen=$((seqlen+${#line}))
    fi
done < your_sequence.fasta

if [[ $seqlen -le 150 ]]
then
    echo -e "$header\n$seq"
fi

这个脚本会逐行读取 `your_sequence.fasta` 中的内容。对于每一行，如果它以 `>` 开头，则表示前面的序列已经读完，需要对前一个序列进行处理。如果前一个序列的长度小于等于 150，则输出该序列。如果当前行不是以 `>` 开头，则说明当前行是序列的一部分，将其加入 `seq` 变量中，并更新序列的长度 `seqlen`。最后，当文件读取完毕时，如果最后一个序列的长度小于等于 150，则输出该序列。

需要注意的是，这个脚本假设每个序列都以一个以 `>` 开头的行开始，并且序列中没有空行。如果您的数据有所不同，您可能需要对脚本进行适当的修改。