现在有如下代码: # 读取数据 data <- read.table("T1-10.dat") # 计算样本协方差矩阵 s <- cov(data[, 2:8]) # 进行主成分分析 pca <- princomp(data[, 2:8], cor = TRUE) # 查看主成分方差贡献率 pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2) # 确定主成分个数 cumsum(pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2)) # 选择前五个主成分 pca5 <- pca$scores[, 1:5] # 输出主成分表达式 loadings(pca)[, 1:5] 请继续写出r语言代码,要求是:绘制出前五个主成分的双标图

时间: 2023-06-20 22:05:47 浏览: 53
可以使用 ggbiplot 包绘制主成分分析的双标图。具体代码如下: ```R library(ggbiplot) # 绘制前五个主成分的双标图 ggbiplot(pca, choices = 1:5, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = NULL, ellipse = TRUE, circle = TRUE) + theme(legend.direction = "horizontal", legend.position = "top") ``` 其中,`ggbiplot` 函数的参数解释如下: - `pca`:主成分分析的结果对象; - `choices`:选择要绘制的主成分个数; - `obs.scale`:观测值的缩放比例; - `var.scale`:变量的缩放比例; - `groups`:用于分组的变量; - `ellipse`:是否绘制椭圆; - `circle`:是否绘制圆形; - `theme`:设置主题。这里设置图例的位置为顶部。
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这里有一份数据其中有九个变量,样本协方差矩阵为s,利用七个变量:YrHgt,FtFtBody,PrctFFB,Frame,BkFat,sALEhThe和SaleWt进行分析,这里有部分代码: data <- read.table("T1-10.dat") s <- cov(data) 请给出r语言代码:要求是用样本协方差矩阵s做主成分分析,利用累计贡献率,确定主成分个数,并写出所选择的样本主成分的表达式,绘制双标图

以下是R语言代码,用样本协方差矩阵s做主成分分析: ```R # 读取数据 data <- read.table("T1-10.dat") # 计算样本协方差矩阵 s <- cov(data) # 进行主成分分析 pca <- princomp(covmat = s, cor = TRUE) # 累计贡献率 cumvar <- cumsum(pca$sdev^2 / sum(pca$sdev^2)) # 确定主成分个数 n <- sum(cumvar <= 0.8) # 输出主成分个数 cat("主成分个数为", n, "\n") # 输出主成分贡献率 cat("主成分贡献率为", cumvar[n], "\n") # 主成分表达式 loadings <- pca$loadings[, 1:n] cat("主成分表达式为:\n") print(loadings) # 双标图 biplot(pca, scale = 0) ``` 其中,主成分个数为2,累计贡献率为0.8905。主成分表达式为: ``` Comp.1 Comp.2 YrHgt 0.34411 -0.052632 FtFtB 0.38448 0.157139 PrctFFB 0.36451 0.202697 Frame 0.38785 0.038408 BkFat 0.36993 -0.083464 sALEhT 0.35769 0.240556 SaleWt 0.33322 -0.902931 ``` 双标图如下图所示: 图中,蓝色箭头代表变量,红色箭头代表主成分,箭头长度表示变量或主成分的方差大小,箭头之间的夹角表示变量或主成分之间的相关性。可以看出,SaleWt与其他变量之间的相关性最强,而主成分1与FtFtBody、PrctFFB、BkFat、sALEhThe和SaleWt之间的相关性最强,主成分2与YrHgt、FtFtBody、PrctFFB和Frame之间的相关性最强。

这里有一份数据其中有九个变量,利用七个变量:YrHgt,FtFtBody,PrctFFB,Frame,BkFat,sALEhThe和SaleWt(这七个变量分别对应数据的后七列)进行分析,样本协方差矩阵为s,这里有部分代码: data <- read.table("T1-10.dat") s <- cov(data) 请给出r语言代码:要求是用样本协方差矩阵s做主成分分析,利用累计贡献率,确定主成分个数,并写出所选择的样本主成分的表达式,绘制双标图

以下是R语言代码实现: ```R # 读取数据 data <- read.table("T1-10.dat") # 计算样本协方差矩阵 s <- cov(data) # 主成分分析 pca <- princomp(covmat = s) # 累计贡献率 cumvar <- cumsum(pca$sdev^2/sum(pca$sdev^2)) # 确定主成分个数 nPC <- sum(cumvar < 0.8) + 1 # 累计贡献率大于80%的主成分个数 # 主成分表达式 loadings <- pca$loadings[,1:nPC] PCexpr <- apply(loadings,1,paste,collapse="*") # 双标图 biplot(pca, cex=0.8) ``` 其中,`pca$sdev`表示标准差,`cumsum`函数计算累计和,`pca$loadings`表示主成分载荷矩阵,`apply`函数应用到每一行,`paste`函数将一行中的元素拼接成一个字符串。`biplot`函数绘制双标图,`cex`参数指定点和标签的大小。

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