这是我的使用cd-hit的命令行,cd-hit -i 去冗余/v_TRBV1.fasta -o CD-hit/v_TRBV1.fa -c 0.75 -T 0 -M 0,请问可以帮我修改可以处理一个文件夹内所有的fasta文件吗,python
时间: 2024-09-24 08:18:02 浏览: 70
看起来你想要使用 `cd-hit` 工具对特定目录下的所有 `.fasta` 文件进行去重操作。如果你想通过 Python 来批量处理,你可以编写一个脚本来遍历文件夹并逐个运行 `cd-hit` 命令。这里是一个简单的示例:
```python
import os
import subprocess
# 指定要搜索的文件夹路径
folder_path = 'path_to_your_folder'
# 找到文件夹里的所有 .fasta 文件
fasta_files = [os.path.join(folder_path, f) for f in os.listdir(folder_path) if f.endswith('.fasta')]
# 定义 cd-hit 的命令模板,并替换 {file} 为你找到的文件路径
cd_hit_command_template = "cd-hit -i {file} -o CD_HIT_output/{file.stem}.fa -c 0.75 -T 0 -M 0"
# 对每个文件运行 cd-hit 命令
for fasta_file in fasta_files:
command = cd_hit_command_template.format(file=fasta_file)
process = subprocess.Popen(command, shell=True, stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)
# 等待所有进程完成
for process in processes:
process.wait()
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