这是我的使用cd-hit的命令行,cd-hit -i 去冗余/v_TRBV1.fasta -o CD-hit/v_TRBV1.fa -c 0.75 -T 0 -M 0,请问可以帮我修改可以处理一个文件夹内所有的fasta文件吗
时间: 2024-09-24 22:19:35 浏览: 8
你的命令行是在单个`.fasta`文件上应用CD-HIT去冗余工具,用于去除同源序列,保留相似度大于75%的序列。如果你想处理一个文件夹内的所有`.fasta`文件,你可以通过添加一个循环来完成,以下是一个示例:
```bash
#!/bin/bash
# 定义输入和输出文件夹
input_folder="你的输入文件夹路径"
output_folder="你的输出文件夹路径"
# 使用find查找文件夹内的所有fasta文件
for fasta_file in $input_folder/*.fasta; do
filename=$(basename "$fasta_file") # 获取文件名(不含扩展)
output_file="$output_folder/${filename%.fasta}_CDHIT.fa" # 创建新文件名
# 调用cd-hit处理每个文件
cd-hit -i "$fasta_file" -o "$output_file" -c 0.75 -T 0 -M 0 > /dev/null 2>&1 & # 并行处理(后台运行)
done
```
这个脚本会遍历`input_folder`目录下的所有`.fasta`文件,对每份文件分别执行CD-HIT去冗余,并将结果保存在`output_folder`中。`-T 0`表示使用默认CPU核心数,`&`符号用于在后台并行运行。
注意:如果你的文件夹很大,或者有很多小的`.fasta`文件,你可能需要考虑使用更高效的并行化方案,如`xargs`结合`parallel`等工具。