解释这段代码for (i in cancer_types){ positive<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_corr_validated_mi.csv"),row.names = 1,check.names = F) p_label<-cbind(colnames(positive),rep(1,ncol(positive))) negative<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_corr_validated_mi.csv"),row.names = 1,check.names = F) n_label<-cbind(colnames(negative),rep(0,ncol(negative))) tab_label<-rbind(p_label,n_label) colnames(tab_label)<-c("sample_id","labels") write.csv(tab_label,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\tab_label.csv"),row.names = F,quote = F) } rm(positive,negative,p_label,n_label,tab_label)

时间: 2023-11-07 18:04:54 浏览: 39
这段代码是一个循环,其中 `cancer_types` 是一个包含癌症类型的向量。代码的主要目的是从每个癌症类型的文件中读取正样本和负样本数据,并进行一系列操作。 首先,代码使用 `read.csv` 函数从指定目录中的正样本文件读取数据,并将其赋值给 `positive` 变量。通过设置 `row.names = 1`,数据文件中的第一列被用作行索引。`check.names = F` 则禁止检查列名的合法性。 接下来,代码使用 `colnames(positive)` 获取 `positive` 数据框的列名,并使用 `rep(1, ncol(positive))` 创建一个与列数相同的由 1 组成的向量。然后,通过 `cbind` 函数将列名和 1 组成的向量合并成一个新的数据框,并将结果赋值给 `p_label` 变量。 然后,代码使用 `read.csv` 函数从指定目录中的负样本文件读取数据,并将其赋值给 `negative` 变量。与之前一样,通过设置 `row.names = 1` 和 `check.names = F` 来处理数据文件。 接着,代码使用 `colnames(negative)` 获取 `negative` 数据框的列名,并使用 `rep(0, ncol(negative))` 创建一个与列数相同的由 0 组成的向量。然后,通过 `cbind` 函数将列名和 0 组成的向量合并成一个新的数据框,并将结果赋值给 `n_label` 变量。 之后,代码使用 `rbind` 函数将 `p_label` 和 `n_label` 进行行合并,得到一个包含正样本和负样本标签的数据框 `tab_label`。通过 `colnames` 函数给 `tab_label` 设置列名为 "sample_id" 和 "labels"。 接下来,代码使用 `write.csv` 函数将 `tab_label` 写入指定目录下的一个名为 "tab_label.csv" 的文件中,不包含行号,并且不使用引号引用字符。 最后,代码通过 `rm` 函数清除内存中的变量 `positive`、`negative`、`p_label`、`n_label` 和 `tab_label`,以释放内存空间。

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解释这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi) negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval) write.csv(wilcox,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input write.csv(ml_input,str_c(dir,"\tcga_data\",i,"\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

请解释一下这段代码for (i in cancer_types){ admat<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\admat.csv"),check.names=F) positive_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\positive_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) negative_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\negative_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_rna<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_rna.csv"),row.names = 1, check.names = F) normal_mi<-read.csv(str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\normal_normalized_mi.csv"),row.names = 1, check.names = F) positive_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,positive_rna,positive_mi)#"自定义cal_delta_pcc"函数计算正样本和负样本的delta值,并把数据装入positive_delta中 negative_delta<-cal_delta_pcc(admat,normal_rna,normal_mi,negative_rna,negative_mi) wilcox<-delta_wilcox_test(positive_delta,negative_delta,wilcox_pval)#自定义delta_wilcox_test函数计算结果 write.csv(wilcox,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\wilcox.csv"),quote=F,row.names=F) row.names(wilcox)<-str_c(wilcox[,1],"_",wilcox[,2]) positive_delta<-na.omit(positive_delta) row.names(positive_delta)<-str_c(positive_delta[,1],"_",positive_delta[,2]) negative_delta<-na.omit(negative_delta) row.names(negative_delta)<-str_c(negative_delta[,1],"_",negative_delta[,2]) positive_delta<-positive_delta[row.names(positive_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[row.names(negative_delta)%in%row.names(wilcox),] negative_delta<-negative_delta[,3:ncol(negative_delta)] ml_input<-merge(positive_delta,negative_delta,by="row.names") ml_input<-ml_input[,-1] write.csv(ml_input,str_c(dir,"\\tcga_data\\",i,"\\ml_input.csv"),quote=F,row.names=F) }

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