R语言中,survivalsvm模型的变量(特征)重要性排名和brier score的代码,来自哪个包,具体解释详细说明,有实例
时间: 2023-09-19 19:07:02 浏览: 694
跨设置的预测变量测量异质性对预测模型性能的影响:测量误差视角
survivalsvm是一个R语言包,用于建立生存分析的支持向量机(SVM)模型。该包提供了一个函数`survivalsvm()`,用于建立SVM模型,并且可以使用该模型来预测生存时间。
survivalsvm包中并没有提供直接计算变量重要性排名和brier score的函数。但是,我们可以使用其他包来计算这些指标。下面是两个比较常用的包:
1. `randomForestSRC`包:该包提供了一个函数`var.importance()`,用于计算变量重要性排名。该函数可以用于任何生存分析模型,包括SVM模型。下面是一个例子:
```r
library(survivalsvm)
library(randomForestSRC)
# 使用lung数据集建立survivalsvm模型
data(lung)
svm.model <- survivalsvm(Surv(time, status) ~ ., data = lung)
# 计算变量重要性排名
vi <- var.importance(svm.model, lung)
print(vi$importance)
```
2. `pec`包:该包提供了一个函数`pec()`,用于计算生存分析模型的brier score。下面是一个例子:
```r
library(survivalsvm)
library(pec)
# 使用lung数据集建立survivalsvm模型
data(lung)
svm.model <- survivalsvm(Surv(time, status) ~ ., data = lung)
# 计算brier score
brier.score <- pec(svm.model, lung$time, lung$status)
print(brier.score)
```
需要注意的是,这些指标的计算结果可能受到数据集的影响。因此,在使用这些指标来比较不同模型的性能时,应该使用相同的数据集。
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