解释这段代码for cancer_type_py in cancer_types_py: f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\TCGA-',cancer_type_py,'-miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8') rdr = list(csv.reader(f)) rdrt=list( zip(*rdr))#zip函数对列表进行转置,将行转换为列。 with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'w', newline='') as f: #创建一个名为'tmp_miRNA.csv'的新CSV文件,用于存储筛选后的数据。 writer = csv.writer(f)#使用csv.writer创建一个写入器,并将转置后的列表的第一行写入新文件。 writer.writerow(rdrt[0]) for ele in rdrt[1:]: if ele[0][13]=='1': writer.writerow(ele)#遍历转置后的列表中的每一行(除了第一行),如果该行的第一个元素的第13个字符为'1',则将该行写入新文件。 for ele in rdrt[1:]: if ele[0][13]=='0': writer.writerow(ele)#再次遍历转置后的列表中的每一行(除了第一行),如果该行的第一个元素的第13个字符为'0',则将该行写入新文件。 f.close()#关闭当前打开的文件。 f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8') rdr = list(csv.reader(f)) rdrt=list( zip(*rdr)) with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\miRNAMatrix.csv']), 'w', newline='') as f: writer = csv.writer(f) for ele in rdrt: writer.writerow(ele) f.close() time.sleep(1)
时间: 2024-04-10 07:32:09 浏览: 88
xibaobianyuanjiance-xingtaixue-yansefenxi.rar_cancer cell_site:w
这段代码的作用是对给定的癌症类型进行数据处理和筛选操作。我将逐行解释代码的功能:
1. `for cancer_type_py in cancer_types_py:`:遍历给定的癌症类型列表。
2. `f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\TCGA-',cancer_type_py,'-miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8')`:打开指定路径下的 miRNA 数据文件。
3. `rdr = list(csv.reader(f))`:将打开的文件解析为一个列表,每一行作为列表的一个元素。
4. `rdrt=list( zip(*rdr))`:使用 `zip` 函数对列表进行转置,将行转换为列。
5. `with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'w', newline='') as f:`:创建一个新的 CSV 文件,用于存储筛选后的数据。
6. `writer = csv.writer(f)`:创建一个 CSV 写入器,用于向新文件中写入数据。
7. `writer.writerow(rdrt[0])`:将转置后的列表的第一行写入新文件。
8. `for ele in rdrt[1:]:`:遍历转置后的列表的每一行(除了第一行)。
9. `if ele[0][13]=='1':`:判断该行第一个元素的第13个字符是否为'1'。
10. `writer.writerow(ele)`:如果满足条件,则将该行写入新文件。
11. `for ele in rdrt[1:]:`:再次遍历转置后的列表的每一行(除了第一行)。
12. `if ele[0][13]=='0':`:判断该行第一个元素的第13个字符是否为'0'。
13. `writer.writerow(ele)`:如果满足条件,则将该行写入新文件。
14. `f.close()`:关闭当前打开的文件。
15. `f = open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\tmp_miRNA.csv']), 'r', encoding='utf-8')`:重新打开临时文件。
16. `rdr = list(csv.reader(f))`:将临时文件解析为一个列表,每一行作为列表的一个元素。
17. `rdrt=list( zip(*rdr))`:再次对列表进行转置,将行转换为列。
18. `with open(''.join([dir_py,'\\tcga_data\\',cancer_type_py,'\\miRNAMatrix.csv']), 'w', newline='') as f:`:创建一个新的 CSV 文件,用于存储最终的数据。
19. `writer = csv.writer(f)`:创建一个 CSV 写入器,用于向最终文件中写入数据。
20. `for ele in rdrt:`:遍历转置后的列表的每一行。
21. `writer.writerow(ele)`:将每一行写入最终文件。
22. `f.close()`:关闭当前打开的文件。
23. `time.sleep(1)`:暂停程序执行 1 秒。
这段代码的主要功能是读取指定路径下的 miRNA 数据文件,根据特定条件对数据进行筛选,并将筛选后的数据写入新的文件中。最后,将转置后的数据写入最终的文件。整个过程针对给定的癌症类型列表进行循环处理。
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