loss=model.recon_loss(z, train_data.pos_edge_label_index)+1/train_data.num_nodes*model.kl_loss()

时间: 2024-04-27 22:25:42 浏览: 15
这段代码是一个基于变分自编码器的图嵌入模型中的损失函数。其中,第一项 `model.recon_loss(z, train_data.pos_edge_label_index)` 是重构误差,用来衡量模型生成的图嵌入向量 `z` 与原始图的节点之间边的标签向量之间的差异。`train_data.pos_edge_label_index` 表示原始图中存在的边的标签向量的索引。 第二项 `1/train_data.num_nodes*model.kl_loss()` 是KL散度损失,用来衡量模型生成的潜在变量向量分布与标准正态分布之间的差异。`train_data.num_nodes` 表示原始图中的节点数,`model.kl_loss()` 是计算KL散度损失的函数。 将两个项加起来可以得到该模型的总损失。通过最小化该损失,可以优化模型的参数,使得模型生成的图嵌入向量更加接近原始图的拓扑结构。
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def train(images, labels, epoch, training_mode): with tf.GradientTape() as tape: if training_mode == 'full': predictions = bc_model(images) elif training_mode == 'latent': z, _, _ = cmvae_model.encode(images) predictions = bc_model(z) elif training_mode == 'reg': z = reg_model(images) predictions = bc_model(z) recon_loss = tf.reduce_mean(compute_loss(labels, predictions)) gradients = tape.gradient(recon_loss, bc_model.trainable_variables) optimizer.apply_gradients(zip(gradients, bc_model.trainable_variables)) train_loss_rec_v(recon_loss)

这段代码实现了一个模型的训练过程,训练的是一个基于条件变分自编码器(CMVAE)的卷积神经网络(CNN),可以在完全训练模式、潜变量训练模式和正则化训练模式下进行。这里的`bc_model`是一个卷积神经网络模型,`cmvae_model`是一个条件变分自编码器模型,`reg_model`是一个正则化模型。`compute_loss`是一个计算损失函数的函数。 在训练过程中,首先根据训练模式(`training_mode`)选择不同的模型进行预测(`predictions = bc_model(images)`),然后计算预测结果与标签数据的损失(`recon_loss = tf.reduce_mean(compute_loss(labels, predictions))`)。接着,使用`tf.GradientTape`记录损失函数对模型参数的梯度,然后使用优化器(`optimizer`)对模型参数进行更新,使得模型能够更好地拟合数据。最后,将损失函数值记录在一个变量中(`train_loss_rec_v(recon_loss)`),以便进行可视化和监控训练过程中的损失变化。

def forward(self, x): z = self._encoder(x) z = self._pre_vq_conv(z) loss, quantized, perplexity, _ = self._vq_vae(z) x_recon = self._decoder(quantized)

这段代码是一个神经网络模型的前向传递函数,用于输入数据 `x`,并输出模型的预测结果。 首先,数据 `x` 通过模型的 `_encoder` 层进行编码,然后通过 `_pre_vq_conv` 层进行卷积操作。 接下来,经过 `_vq_vae` 层进行向量量化(vector quantization)和自编码器(autoencoder)操作,并计算损失、量化后的结果、困惑度(perplexity)等参数。 最后,量化后的结果 `quantized` 通过 `_decoder` 层进行解码,得到重建后的结果 `x_recon`。 总的来说,这段代码实现了一个基于向量量化和自编码器的神经网络模型,用于对输入数据进行编码、解码和重建。

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运行代码: import scipy.io import mne from mne.bem import make_watershed_bem import random import string # Load .mat files inner_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.inner_skull.mat') outer_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.outer_skull.mat') scalp = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.scalp.mat') print(inner_skull.keys()) # Assuming these .mat files contain triangulated surfaces, we will extract vertices and triangles # This might need adjustment based on the actual structure of your .mat files inner_skull_vertices = inner_skull['Vertices'] inner_skull_triangles = inner_skull['Faces'] outer_skull_vertices = outer_skull['Vertices'] outer_skull_triangles = outer_skull['Faces'] scalp_vertices = scalp['Vertices'] scalp_triangles = scalp['Faces'] subjects_dir = 'E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318' subject = ''.join(random.choices(string.ascii_uppercase + string.ascii_lowercase, k=8)) # Prepare surfaces for MNE # Prepare surfaces for MNE surfs = [ mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain mne.make_bem_model(outer_skull_vertices, outer_skull_triangles, conductivity=[0.016], subjects_dir=subjects_dir), # skull mne.make_bem_model(scalp_vertices, scalp_triangles, conductivity=[0.33], subjects_dir=subjects_dir), # skin ] # Create BEM solution model = make_watershed_bem(surfs) solution = mne.make_bem_solution(model) 时报错: Traceback (most recent call last): File "E:\pythonProject\MEG\头模型.py", line 30, in <module> mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain File "<decorator-gen-68>", line 12, in make_bem_model File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\site-packages\mne\bem.py", line 712, in make_bem_model subject_dir = op.join(subjects_dir, subject) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\ntpath.py", line 117, in join genericpath._check_arg_types('join', path, *paths) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\genericpath.py", line 152, in _check_arg_types raise TypeError(f'{funcname}() argument must be str, bytes, or ' TypeError: join() argument must be str, bytes, or os.PathLike object, not 'ndarray' 进程已结束,退出代码1

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