input_set = MITMDSet(struct, args.start_temp, args.end_temp, args.nsw, user_incar_settings=user_incar_settings) 函数的具体使用方法

时间: 2024-10-19 10:14:17 浏览: 9
`MITMDSet` 是一个用于生成 VASP 分子动力学(MD)输入文件的类。以下是 `MITMDSet` 函数的具体使用方法: ### 参数说明 - **structure** (Structure object): 输入的结构对象,通常从 CIF 或 POSCAR 文件读取。 - **start_temp** (int): MD 模拟的起始温度(单位:K)。 - **end_temp** (int): MD 模拟的结束温度(单位:K)。 - **nsw** (int): MD 模拟的最大步数。 - **user_incar_settings** (dict, optional): 用户自定义的 INCAR 设置,可以覆盖默认设置。 ### 示例代码 以下是一个具体的示例代码,展示了如何使用 `MITMDSet` 生成 MD 模拟的输入文件: ```python from pymatgen.io.vasp.sets import MITMDSet from pymatgen.io.cif import CifParser # 读取结构文件 parser = CifParser('path_to_your_cif_file.cif') structure = parser.get_structures(primitive=False)[0] # 定义 MD 模拟参数 start_temp = 300 # 起始温度 end_temp = 600 # 结束温度 nsw = 1000 # 最大步数 # 自定义 INCAR 设置 user_incar_settings = { "EDIFF": 0.0001, "LWAVE": "False", "NELM": 60, "LPLANE": "True", "LCHARG": "False", "LREAL": "Auto", "NPAR": 1, "ALGO": "N" } # 创建 MITMDSet 对象 input_set = MITMDSet(structure, start_temp, end_temp, nsw, user_incar_settings=user_incar_settings) # 写入输入文件到指定目录 input_set.write_input('./vaspinput') # 打印电子数目 print('NELECT:', input_set.nelect) ``` ### 关键步骤 1. **读取结构文件**: 使用 `CifParser` 从 CIF 文件中读取结构信息。 2. **定义 MD 模拟参数**: 设置起始温度、结束温度和最大步数。 3. **自定义 INCAR 设置**: 根据需要设置 INCAR 参数。 4. **创建 MITMDSet 对象**: 使用上述参数初始化 `MITMDSet` 对象。 5. **写入输入文件**: 将生成的输入文件写入指定目录。 6. **打印电子数目**: 可选步骤,输出电子数目以供参考。 通过以上步骤,你可以生成适用于 VASP 分子动力学模拟的完整输入文件集。
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