pair_coeff * * BNC.tersoff C

时间: 2024-01-17 20:36:44 浏览: 245
在分子动力学模拟中,`pair_coeff` 是一个命令或函数,用于设置原子之间的相互作用势函数系数。在你提供的例子中,`* * BNC.tersoff C` 是一种用于描述碳-氮化硼(BN)体系的 Tersoff 势函数的输入参数。 在这里,`* *` 表示对所有原子类型的相互作用进行设置,`BNC.tersoff` 是一个 Tersoff 势函数文件的名称,而 `C` 则是要设置的原子类型。 Tersoff 势函数是一种常用的描述原子间相互作用的模型,特别适用于描述碳化物、氮化物等材料的化学键。它基于原子之间的键长、键角和配位数等参数,并通过调节势函数的系数来准确描述原子间相互作用。 通过设置 `pair_coeff` 的参数,你可以使用 Tersoff 势函数来模拟碳-氮化硼体系中不同原子之间的相互作用。这将有助于研究该体系的结构、热力学性质和动力学行为。请注意,具体的参数设置可能因具体模拟软件和模型而略有不同,你可能需要参考相应软件的文档或相关文献来获取更详细的信息。
相关问题

poly_coeff_mat是MatXd polynomial_coeff = MatXd::Zero(polynomial_coeff_x.rows(), polynomial_coeff_x.cols() * 2u); polynomial_coeff.leftCols(polynomial_coeff_x.cols()) = polynomial_coeff_x; polynomial_coeff.rightCols(polynomial_coeff_x.cols()) = polynomial_coeff_y;

这段代码中,`poly_coeff_mat`是一个`MatXd`类型的矩阵,表示多项式的系数。它被定义为一个具有与`polynomial_coeff_x`相同行数和两倍列数的零矩阵。该矩阵分为两个部分,左边一部分存储了`polynomial_coeff_x`的系数,右边一部分存储了`polynomial_coeff_y`的系数。 首先,代码创建了一个零矩阵`polynomial_coeff`,行数与`polynomial_coeff_x`相同,列数是`polynomial_coeff_x`的列数乘以2。这样做是为了保证能够容纳两个多项式的系数。 然后,通过使用`leftCols`和`rightCols`函数,将`polynomial_coeff_x`和`polynomial_coeff_y`的系数分别赋值给`poly_coeff_mat`的左半部分和右半部分。`leftCols`函数用于指定要赋值的列范围,而`rightCols`函数用于指定要赋值的右侧列范围。 通过这样的操作,我们将两个多项式的系数合并为一个矩阵,每一行包含一个时间段内的多项式系数。这样可以更方便地对多项式进行处理和计算。

import numpy as np import pywt from scipy.fftpack import dct def nsst(image): # 将图像转换为灰度图像 def nsst(image): # 将图像转换为灰度图像 if len(image.shape) == 3: image = np.mean(image, axis=2) # 设置NSST参数 scales = 3 shearlet_system = pywt.ShearletSystem2D(image.shape, scales) # 计算图像的NSST分解系数 coeffss = [] for scale in range(scales): for shear in range(shearlet_system.shear_count): shearlet = shearlet_system.shearlets[scale][shear] shearlet_fft = np.fft.fft2(shearlet, image.shape) shearlet_fft_conj = np.conj(shearlet_fft) image_fft = np.fft.fft2(image) shearlet_coeff = np.fft.ifft2(shearlet_fft_conj * image_fft) coeffss.append(shearlet_coeff) # 将NSST分解系数组合成一个张量 coeffs = np.stack(coeffss, axis=-1) return coeffs coeffs1 = nsst_decomposition(image1, num_scales=4) coeffs2 = nsst_decomposition(image2, num_scales=4)

根据你提供的代码,错误信息提示 'nsst_decomposition' is not defined,说明你的代码中不存在名为 'nsst_decomposition' 的函数。你需要定义这个函数或导入包含这个函数的模块。在你的代码中,应该将函数名 'nsst' 替换为 'nsst_decomposition',以便正确地调用函数。你可以尝试修改代码如下: ```python import numpy as np import pywt from scipy.fftpack import dct def nsst_decomposition(image): # 将图像转换为灰度图像 if len(image.shape) == 3: image = np.mean(image, axis=2) # 设置NSST参数 scales = 3 shearlet_system = pywt.ShearletSystem2D(image.shape, scales) # 计算图像的NSST分解系数 coeffss = [] for scale in range(scales): for shear in range(shearlet_system.shear_count): shearlet = shearlet_system.shearlets[scale][shear] shearlet_fft = np.fft.fft2(shearlet, image.shape) shearlet_fft_conj = np.conj(shearlet_fft) image_fft = np.fft.fft2(image) shearlet_coeff = np.fft.ifft2(shearlet_fft_conj * image_fft) coeffss.append(shearlet_coeff) # 将NSST分解系数组合成一个张量 coeffs = np.stack(coeffss, axis=-1) return coeffs coeffs1 = nsst_decomposition(image1) coeffs2 = nsst_decomposition(image2) ``` 这样应该可以解决该错误。
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使用代码import numpy as np import pandas as pd from scipy.stats import pearsonr data = pd.read_csv('os2.csv') gene_pairs = pd.read_csv('os1.csv') gene_pair_names = gene_pairs['基因对名称'].values pearson_coeffs = [] for gene_pair in gene_pair_names: gene1, gene2 = gene_pair.split('_') expression1 = data[gene1].values expression2 = data[gene2].values coeff, _ = pearsonr(expression1, expression2) pearson_coeffs.append(coeff)出现了Traceback (most recent call last): File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 3621, in get_loc return self._engine.get_loc(casted_key) File "pandas/_libs/index.pyx", line 136, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc File "pandas/_libs/index.pyx", line 163, in pandas._libs.index.IndexEngine.get_loc File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 5198, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item File "pandas/_libs/hashtable_class_helper.pxi", line 5206, in pandas._libs.hashtable.PyObjectHashTable.get_item KeyError: 'Os01t0113150' The above exception was the direct cause of the following exception: Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 4, in <module> File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/frame.py", line 3505, in __getitem__ indexer = self.columns.get_loc(key) File "/home/jialinlu/miniconda3[闪电]b/python3.9/site-packages/pandas/core/indexes/base.py", line 3623, in get_loc raise KeyError(key) from err KeyError: 'Os01t0113150'的报错是什么原因

def genBlurImage(p_obj, img): smax = p_obj['delta0'] / p_obj['D'] * p_obj['N'] temp = np.arange(1,101) patchN = temp[np.argmin((smax*np.ones(100)/temp - 2)**2)] patch_size = round(p_obj['N'] / patchN) xtemp = np.round_(p_obj['N']/(2*patchN) + np.linspace(0, p_obj['N'] - p_obj['N']/patchN + 0.001, patchN)) xx, yy = np.meshgrid(xtemp, xtemp) xx_flat, yy_flat = xx.flatten(), yy.flatten() NN = 32 # For extreme scenarios, this may need to be increased img_patches = np.zeros((p_obj['N'], p_obj['N'], int(patchN**2))) den = np.zeros((p_obj['N'], p_obj['N'])) patch_indx, patch_indy = np.meshgrid(np.linspace(-patch_size, patch_size+0.001, num=2*patch_size+1), np.linspace(-patch_size, patch_size+0.001, num=2*patch_size+1)) for i in range(int(patchN**2)): aa = genZernikeCoeff(36, p_obj['Dr0']) temp, x, y, nothing, nothing2 = psfGen(NN, coeff=aa, L=p_obj['L'], D=p_obj['D'], z_i=1.2, wavelength=p_obj['wvl']) psf = np.abs(temp) ** 2 psf = psf / np.sum(psf.ravel()) focus_psf, _, _ = centroidPsf(psf, 0.85) #: Depending on the size of your PSFs, you may want to use this psf = resize(psf, (round(NN/p_obj['scaling']), round(NN/p_obj['scaling']))) patch_mask = np.zeros((p_obj['N'], p_obj['N'])) patch_mask[round(xx_flat[i]), round(yy_flat[i])] = 1 patch_mask = scipy.signal.fftconvolve(patch_mask, np.exp(-patch_indx**2/patch_size**2)*np.exp(-patch_indy**2/patch_size**2)*np.ones((patch_size*2+1, patch_size*2+1)), mode='same') den += scipy.signal.fftconvolve(patch_mask, psf, mode='same') img_patches[:,:,i] = scipy.signal.fftconvolve(img * patch_mask, psf, mode='same') out_img = np.sum(img_patches, axis=2) / (den + 0.000001) return out_img

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