SMILES转化为one hot的代码

SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）是一种用于表示化学结构的标准线性字符串格式。将SMILES转换成one-hot编码，通常是在分子建模和机器学习任务中预处理化学键信息的一种步骤。这个过程将每个字符映射到一个one-hot向量，其中只有一个元素为1，其余为0。

以下是一个简单的Python示例，使用rdkit库来实现SMILES向one-hot编码的转换：

from rdkit import Chem
import numpy as np

def smiles_to_one_hot(smiles):
    mapping = {'C': [1, 0, 0, 0], 'N': [0, 1, 0, 0], ...}  # 根据需要填充具体的元素映射
    tokens = list(smiles)
    one_hot = np.zeros((len(tokens), len(mapping)))
    
    for i, char in enumerate(tokens):
        one_hot[i] = mapping[char]
        
    return one_hot

smiles = "CCCN"  # 示例SMILES
one_hot_encoded = smiles_to_one_hot(smiles)

在这个例子中，你需要预先定义一个包含所有可能的SMILES字符及其对应索引的映射字典。然后遍历SMILES串，将每个字符替换为对应的one-hot向量。