TCGA数据下载出现All samples have been already downloaded 28%Error in read_xml.character(xmlfile) : Start tag expected, '<' not found [4]
时间: 2024-04-04 13:35:31 浏览: 152
这个错误可能是由于您尝试下载的数据已经下载完成或下载链接失效导致的。您可以尝试检查已经下载的数据是否已经包含您需要的数据,或者尝试使用其他下载链接。如果问题仍然存在,建议您联系数据源提供商或技术支持寻求帮助。此外,这个错误还可能是由于您使用的下载工具或浏览器存在问题,您可以尝试更换工具或浏览器进行下载。
相关问题
data <- read.table("TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv", header=TRUE, sep="\t") Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 25 did not have 120 elements
这个错误提示意味着在读取TSV文件时,第25行的数据列数和之前读取的数据列数不一致。这可能是由于该行数据中某些列的值缺失或格式错误导致的。你可以尝试以下方法解决这个问题:
1. 打开该文件,检查第25行数据,确保该行数据格式正确且没有缺失值。
2. 如果第25行数据确实存在问题,你可以尝试删除该行或手动修复该行数据的格式错误。
3. 如果你确定该文件中有多个数据行存在数据格式或缺失值问题,你可以使用readr包中的read_tsv()函数来读取文件并跳过出错的行,示例代码如下:
```
library(readr)
data <- read_tsv("TCGA-COAD.GDC_phenotype.tsv", skip = 24, na = c("", "NA"))
```
这里的skip参数指定要跳过的行数,na参数指定要识别为缺失值的字符。这将读取文件中从第25行开始的数据,并将空字符串和"NA"识别为缺失值。
Error in GDCquery_clinic(TCGA-PAAD, clinical) : could not find function GDCquery_clinic
这 error 提示说找不到 `GDCquery_clinic` 这个函数,可能是因为你没有正确加载或安装它所在的包。这个函数通常在 `GDCquery` 包中,你可以尝试运行以下命令加载该包:
``` r
library(GDCquery)
```
如果你还没有安装该包,可以使用以下命令进行安装:
``` r
install.packages("GDCquery")
```
如果你已经安装了 `GDCquery` 包但仍然遇到问题,可能需要检查你的 R 环境或重新安装该包。