for i in *.faa; do iqtree -s $i -pre ${i%.faa} -nt 200 -m AVX512; done
时间: 2024-03-29 20:35:28 浏览: 29
这是一个Linux命令行中的循环语句,用于对当前目录下的所有.faa文件进行基于最大似然法的进化树构建,并指定输出文件名。具体过程是使用iqtree软件对每个.faa文件进行进化树构建,并将结果输出到自定义的文件中。其中,选项“-pre”后面的参数“${i%.faa}”表示去掉原文件名中的“.faa”后缀,作为输出文件名的前缀。这样,对于每个输入文件,输出文件名就会自动命名为去掉“.faa”后缀的文件名加上一些后缀,如“.treefile”(默认输出格式)、“.log”(运行日志文件)等。选项“-nt 200”指定使用200个线程进行计算,“-m AVX512”指定使用AVX512指令集进行计算,以提高计算速度和效率。
相关问题
for i in *.faa; do iqtree -s $i -output -nt 200 -m AVX512;done 如何指定输出文件名
要指定输出文件名,可以使用iqtree命令的选项“-pre”,后面跟上自定义的文件名前缀。修改后的命令如下所示:
```
for i in *.faa; do iqtree -s $i -pre ${i%.faa} -nt 200 -m AVX512; done
```
其中,选项“-pre”后面的参数“${i%.faa}”表示去掉原文件名中的“.faa”后缀,作为输出文件名的前缀。这样,对于每个输入文件,输出文件名就会自动命名为去掉“.faa”后缀的文件名加上一些后缀,如“.treefile”(默认输出格式)、“.log”(运行日志文件)等。
for i in *.faa; do iqtree -s $i -output -nt 200 -m AVX512;done
这是一个Linux命令行中的循环语句,用于对当前目录下的所有.faa文件进行基于最大似然法的进化树构建。具体过程是使用iqtree软件对每个.faa文件进行进化树构建,并将结果输出到当前目录下的文件中。其中,选项“-nt 200”指定使用200个线程进行计算,“-m AVX512”指定使用AVX512指令集进行计算,以提高计算速度和效率。由于没有指定输出文件名,因此结果将会输出到默认的输出文件中。
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