for i in *.faa; do iqtree -s $i -nt 150 --undo -m AVX2 -mset LG+G4 -pre MY -bb 1000 -alrt 1000 -abayes ;done
时间: 2024-03-27 07:41:57 浏览: 13
这是一个 Bash 脚本,它的作用是使用 IQ-TREE 软件对所有以 ".faa" 结尾的文件进行进化树构建。
具体来说,这个脚本会遍历当前目录下所有以 ".faa" 结尾的文件,并对每个文件执行一次 iqtree 命令。其中,"-s" 参数指定输入序列文件,"-nt" 参数指定线程数,"-m" 参数指定模型,"-pre" 参数指定输出文件名前缀,"-bb" 参数和 "-alrt" 参数是分别进行 bootstrap 和 SH-like 处理的参数,"-abayes" 参数是进行贝叶斯推断的参数。
总的来说,这个脚本的作用是批量进行进化树构建,并且使用了较为复杂的模型和参数设置。
相关问题
for i in *.faa; do iqtree -s $i -nt 150 --undo -m AVX2;done
这也是一个批量进行进化树构建的脚本,和之前的脚本相比,只是省略了一些参数设置,包括 "-mset" 参数、bootstrap 和 SH-like 处理的参数、贝叶斯推断的参数以及输出文件名前缀的设置。
具体来说,该脚本对于每个以 ".faa" 结尾的文件,都使用 IQ-TREE 软件进行进化树构建,其中 "-s" 参数指定输入序列文件,"-nt" 参数指定线程数,"-m" 参数指定模型为 AVX2。
因此,该脚本的功能相对较简单,只是进行了一些基本的参数设置,并没有进行复杂的模型选择和处理。
请帮我优化这段代码for i in *.faa; do iqtree -s $i -nt 150 --undo; done for i in *.faa; do iqtree -s $i -nt 150 --undo; done
可以将两个 for 循环合并成一个,这样可以减少重复的代码,优化后的代码如下:
```
for i in *.faa; do
iqtree -s $i -nt 150 --undo;
done
```
此外,如果您的处理器支持 AVX2 或 AVX512 指令集,可以添加 `-m AVX2` 或 `-m AVX512` 参数来提高 iqtree 的运行效率。