for i in *.faa; do iqtree -s $i -output -nt 200 -m AVX512;done 如何指定输出文件名

要指定输出文件名，可以使用iqtree命令的选项“-pre”，后面跟上自定义的文件名前缀。修改后的命令如下所示：

for i in *.faa; do iqtree -s $i -pre ${i%.faa} -nt 200 -m AVX512; done

其中，选项“-pre”后面的参数“${i%.faa}”表示去掉原文件名中的“.faa”后缀，作为输出文件名的前缀。这样，对于每个输入文件，输出文件名就会自动命名为去掉“.faa”后缀的文件名加上一些后缀，如“.treefile”（默认输出格式）、“.log”（运行日志文件）等。