stringtie怎么设置参数会输出转录本长度和外显子数量
时间: 2024-03-12 10:48:46 浏览: 21
在使用StringTie时,可以使用以下参数来输出转录本长度和外显子数量:
1. -G/--GTF:指定参考基因组文件,这个文件中包含了所有已知的转录本和基因的注释信息,以便StringTie能够比对和注释新的转录本。
2. -o/--output-dir:指定输出目录,这个目录中包含了所有的输出文件,包括注释文件和转录本表达量文件。
3. -e/--expr-counts:输出每个转录本的表达量和外显子数量,以及每个基因的表达量和外显子数量。
4. -B/--ballgown:输出Ballgown格式的转录本和基因表达量文件,这个文件中包含了每个样本的表达量和差异表达分析结果。
例如,使用以下命令行可以输出每个转录本的长度和外显子数量:
```
stringtie input.bam -G reference.gtf -e -o output.gtf
```
其中,input.bam是RNA-seq数据文件,reference.gtf是参考基因组文件,-e参数表示输出每个转录本的表达量和外显子数量,-o参数指定输出文件名为output.gtf。执行完毕后,output.gtf文件中将包含每个转录本的长度和外显子数量等信息。
相关问题
StringTie输出的转录本结果包括
StringTie输出的转录本结果包括以下信息:
1. 转录本ID:每个转录本都有一个唯一的ID,以“MSTRG”开头。
2. 基因ID:每个基因都有一个唯一的ID,以“MSTRG”开头。
3. 染色体:转录本所在的染色体。
4. 起始位置和终止位置:转录本的起始位置和终止位置。
5. 方向:转录本的方向,即正向还是反向。
6. 外显子:转录本包含的外显子的数量。
7. 转录本长度:转录本的长度。
8. 覆盖度:转录本的覆盖度,即转录本被RNA-Seq数据覆盖的程度。
9. FPKM:转录本的表达量,以FPKM为单位。
10. TPM:转录本的表达量,以TPM为单位。
11. 注释信息:转录本可能与已知的基因或转录本有重叠,因此可能包含注释信息。
注意:以上信息可能因不同的StringTie版本和参数设置而有所不同。
gtf 文件里怎么统计外显子数目
在GTF文件中,每个转录本(transcript)信息会包含多个外显子(exon)。因此,要统计GTF文件中的外显子数目,需要对每个转录本的外显子数目进行计数。下面是一个简单的R代码示例:
```R
# 读取GTF文件
gtf <- read.table("genome.gtf", sep="\t", header=F)
# 按照transcript_id进行分组
transcripts <- split(gtf, gtf$V12)
# 统计每个转录本的外显子数目
exon_counts <- sapply(transcripts, function(x) sum(x$V3 == "exon"))
# 输出外显子数目
exon_counts
```
在上述代码中,首先将GTF文件中的转录本信息按照transcript_id进行分组,然后使用sapply函数对每个分组进行操作。其中,sum(x$V3 == "exon")用于统计每个分组中V3列(即feature列)为“exon”的行数,也即转录本的外显子数目。最终,输出的exon_counts为一个向量,包含了每个转录本的外显子数目。