r语言从相关系矩阵做出主成分分析,并求出各主成分贡献率及前两个主成分的贡献率
时间: 2023-06-30 11:15:34 浏览: 107
假设相关系矩阵保存在一个名为`corr_matrix`的变量中,可以使用R语言中的`prcomp()`函数进行主成分分析,并且用`summary()`函数查看主成分的贡献率。代码如下:
```
pca <- prcomp(corr_matrix, scale = TRUE)
summary(pca)
```
其中,`scale = TRUE`表示对原始数据进行标准化处理。`summary(pca)`可以输出主成分分析的结果,其中包括各主成分的贡献率。前两个主成分的贡献率可以通过以下代码计算:
```
pca_var <- pca$sdev^2
pca_var_ratio <- pca_var / sum(pca_var)
pca_var_ratio[1:2] # 输出前两个主成分的贡献率
```
其中,`pca_var`表示每个主成分的方差,`pca_var_ratio`表示每个主成分的贡献率。`pca_var_ratio[1:2]`表示输出前两个主成分的贡献率。
相关问题
编写R语言代码实现对IRIS的主成分分析,对分析输出的所有变量做出解释,分别画出方差贡献率、累计方差贡献率、前两维特征对应的散点图和前三维特征的散点图
感谢您的问题,这是一个比较技术性的问题。我可以告诉您,主成分分析是一种常用的统计分析方法,可以将多个相关变量降维并提取出主要的成分,从而简化数据分析。在R语言中,可以使用prcomp函数进行主成分分析。对于IRIS数据集来说,可以用以下代码进行主成分分析:
```
data(iris)
irispca <- prcomp(iris[,1:4], scale=TRUE)
summary(irispca)
```
其中,data()函数是载入IRIS数据集的函数,prcomp()函数是主成分分析函数,scale参数表示是否对变量进行标准化处理。通过调用summary()函数,可以得到主成分分析的结果,包括特征向量、协方差矩阵、主成分方差贡献率等信息。
方差贡献率表示每个主成分解释数据总方差的比例,可以通过下面的代码画出方差贡献率的折线图:
```
plot(irispca, type="l")
```
累计方差贡献率表示前k个主成分对总方差的贡献率之和,可以用以下代码画出累计方差贡献率的折线图:
```
plot(cumsum(irispca$sdev^2)/sum(irispca$sdev^2), type="l")
```
前两维特征对应的散点图可以用以下代码画出:
```
plot(irispca$x[,1], irispca$x[,2], col=as.numeric(iris$Species))
legend("bottomright", legend=levels(iris$Species), col=1:3, pch=19)
```
其中, Species为鸢尾花的三个亚种,不同亚种用不同颜色点表示。
前三维特征对应的散点图可以用以下代码画出:
```
library(scatterplot3d)
s3d <- scatterplot3d(irispca$x[,1:3], col=as.numeric(iris$Species))
s3d$legend <- levels(iris$Species)
```
希望以上代码可以对您有所帮助,并且能够解答您的问题。
matlab主成分分析法求累计贡献率
主成分分析(Principal Component Analysis,简称PCA)是一种常用的数据降维技术,用于将高维数据转化为低维数据,同时保留原始数据的主要信息。PCA通过线性变换将原始数据投影到新的坐标系中,使得投影后的数据具有最大的方差。
在MATLAB中,可以使用`pca`函数进行主成分分析。该函数的语法如下:
```
[coeff,score,latent,tsquared,explained] = pca(X)
```
其中,`X`是输入的数据矩阵,每一行代表一个样本,每一列代表一个特征。函数的输出包括:
- `coeff`:主成分系数矩阵,每一列代表一个主成分向量;
- `score`:得分矩阵,每一行代表一个样本在主成分上的投影;
- `latent`:特征值向量,表示每个主成分的方差;
- `tsquared`:样本在主成分上的马氏距离平方;
- `explained`:累计贡献率向量,表示每个主成分的贡献率。
累计贡献率是指前n个主成分的方差之和占总方差的比例。可以通过累计贡献率来评估主成分的重要性和选择合适的主成分数量。在MATLAB中,可以使用`cumsum`函数计算累计贡献率。示例代码如下:
```
explained_ratio = cumsum(explained) / sum(explained);
```
其中,`explained`是`pca`函数的输出参数之一,表示每个主成分的贡献率。`explained_ratio`即为累计贡献率。
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