编写一个Python程序,读取去點反克a,对于每一条序列,计算其反向序列、反向互补序列,并将每条序列的原始序列/反向序列/反向互补序列输出至文件"test_exRansion.fasa”:将程序存放在个人对应目录。
时间: 2024-02-23 13:57:48 浏览: 94
以下是一个实现该功能的 Python 程序:
```python
def reverse_complement(seq):
complement = {'A': 'T', 'C': 'G', 'G': 'C', 'T': 'A'}
return ''.join([complement[base] for base in reversed(seq)])
with open('test.fasa') as input_file, open('test_exRansion.fasa', 'w') as output_file:
seq = ''
for line in input_file:
if line.startswith('>'):
if seq:
output_file.write(f'{header}\n{seq}\n{seq[::-1]}\n{reverse_complement(seq)[::-1]}\n')
seq = ''
header = line.strip()
else:
seq += line.strip()
if seq:
output_file.write(f'{header}\n{seq}\n{seq[::-1]}\n{reverse_complement(seq)[::-1]}\n')
```
这个程序首先定义了一个 `reverse_complement` 函数,用来计算 DNA 序列的反向互补序列。然后打开输入文件和输出文件,依次读取每一条序列,对于每一条序列,计算其反向序列、反向互补序列,然后将原始序列、反向序列、反向互补序列一起输出到输出文件中。输出文件中每个序列的格式为:
```
>header
seq
reverse_seq
reverse_complement_seq
```
注意,这个程序假设输入文件中每条序列只有一行,如果有多行,需要在读取时将其拼接成一行。
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