features = np.concatenate(features, axis=0)

时间: 2023-02-24 22:55:08 浏览: 194
这行代码是在使用 Numpy 库中的 np.concatenate() 函数,将一个列表的特征连接在一起。"features" 是一个 Numpy 数组,"axis=0" 表示在纵向(沿着行)方向连接特征。结果是一个更大的数组,其中包含了原来列表中的所有特征。
相关问题

sinusoids = np.concatenate((sinusoids, sinusoid_features), axis=1)

`np.concatenate()` 函数用于在给定的轴(这里是 `axis=1`)上连接两个数组。在这个上下文中,`sinusoids` 和 `sinusoid_features` 是两个沿着列(features)方向的数据集,通过调用这个函数,它们会被合并成一个新的数组,新的数组会在原来 `sinusoids` 的每一行后面添加 `sinusoid_features` 的对应行。 具体操作如下: ```python # 假设 sinusoids 是原始特征数据 sinusoids = ... # 原始 sinusoide 数据 # sinusoid_features 是新增加的特征数据 sinusoid_features = ... # 新增特征数据 # 使用 np.concatenate 操作 concatenated_data = np.concatenate((sinusoids, sinusoid_features), axis=1) # 结果是一个新的数组,其中原 `sinusoids` 的每一行都有新增的 `sinusoid_features` 行 ``` 这样做的目的是为了扩展模型输入,可能是因为要引入额外的特征来改进模型的表现。

def get_rolling_window_multistep(forecasting_length, interval_length, window_length, features, labels): output_features = np.zeros((1, features.shape[0], window_length)) output_labels = np.zeros((1, 1, forecasting_length)) if features.shape[1] != labels.shape[1]: assert 'cant process such data' else: output_features = np.zeros((1, features.shape[0], window_length)) output_labels = np.zeros((1, 1, forecasting_length)) for index in tqdm.tqdm(range(0, features.shape[1]-interval_length-window_length-forecasting_length+1), desc='data preparing'): output_features = np.concatenate((output_features, np.expand_dims(features[:, index:index+window_length], axis=0))) output_labels = np.concatenate((output_labels, np.expand_dims(labels[:, index+interval_length+window_length: index+interval_length+window_length+forecasting_length], axis=0))) output_features = output_features[1:, :, :] output_labels = output_labels[1:, :, :] return torch.from_numpy(output_features), torch.from_numpy(output_labels)什么意思

这段代码实现了一个滚动窗口的多步时间序列预测的数据处理函数。函数接收四个参数:预测长度 forecasting_length,间隔长度 interval_length,滑动窗口长度 window_length,以及特征 features 和标签 labels。函数的输出是一个元组,其中包含了处理后的特征和标签,两者都被转换成了 PyTorch 的 Tensor 格式。 该函数的主要实现步骤是:遍历特征序列,从每个时间点开始,每隔 interval_length 个时间点,取出长度为 window_length 的滑动窗口作为输入特征,同时取出该窗口后 forecasting_length 个时间点的数据作为输出标签。这样,我们就可以将时间序列分成多个滑动窗口,每个窗口都对应一个输出标签。最终,函数返回的特征和标签分别是一个三维的 Tensor,第一维表示样本数量,第二维表示时间步数(即窗口长度),第三维表示特征或标签的维度。
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帮我为下面的代码加上注释:class SimpleDeepForest: def __init__(self, n_layers): self.n_layers = n_layers self.forest_layers = [] def fit(self, X, y): X_train = X for _ in range(self.n_layers): clf = RandomForestClassifier() clf.fit(X_train, y) self.forest_layers.append(clf) X_train = np.concatenate((X_train, clf.predict_proba(X_train)), axis=1) return self def predict(self, X): X_test = X for i in range(self.n_layers): X_test = np.concatenate((X_test, self.forest_layers[i].predict_proba(X_test)), axis=1) return self.forest_layers[-1].predict(X_test[:, :-2]) # 1. 提取序列特征(如:GC-content、序列长度等) def extract_features(fasta_file): features = [] for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"): seq = record.seq gc_content = (seq.count("G") + seq.count("C")) / len(seq) seq_len = len(seq) features.append([gc_content, seq_len]) return np.array(features) # 2. 读取相互作用数据并创建数据集 def create_dataset(rna_features, protein_features, label_file): labels = pd.read_csv(label_file, index_col=0) X = [] y = [] for i in range(labels.shape[0]): for j in range(labels.shape[1]): X.append(np.concatenate([rna_features[i], protein_features[j]])) y.append(labels.iloc[i, j]) return np.array(X), np.array(y) # 3. 调用SimpleDeepForest分类器 def optimize_deepforest(X, y): X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.2) model = SimpleDeepForest(n_layers=3) model.fit(X_train, y_train) y_pred = model.predict(X_test) print(classification_report(y_test, y_pred)) # 4. 主函数 def main(): rna_fasta = "RNA.fasta" protein_fasta = "pro.fasta" label_file = "label.csv" rna_features = extract_features(rna_fasta) protein_features = extract_features(protein_fasta) X, y = create_dataset(rna_features, protein_features, label_file) optimize_deepforest(X, y) if __name__ == "__main__": main()

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