如何将nii转化成nii.gz
时间: 2023-06-03 09:06:10 浏览: 471
您可以使用命令行工具gzip将NIfTI格式的图像文件(.nii)压缩成Gzip压缩文件格式(.nii.gz)。在命令行中输入以下命令:
gzip -9 file.nii
该命令将生成一个名为file.nii.gz的压缩文件,其中-9选项表示使用最高压缩率。如果需要解压缩文件,则可以使用以下命令:
gzip -d file.nii.gz
该命令将解压缩名为file.nii.gz的压缩文件,并生成一个名为file.nii的未压缩原始文件。
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antsRegistrationSyN.sh -m brain.nii.gz -f brain_subjects.nii.gz -n 90 -t sr -o S1 antsRegistrationSyN.sh -m brain_subjects.nii.gz -f b0.nii.gz -n 90 -o S2 antsApplyTransforms -i BN.nii.gz -r brain_subjects.nii.gz -t S10GenericAffine.mat S11Warp.nii.gz -o inter.nii.gz -n NearestNeighbor antsApplyTransforms -i inter.nii.gz -r b0.nii.gz -t S20GenericAffine.mat S21Warp.nii.gz -o nearest.nii.gz -n NearestNeighbor
这是一个基于 ANTs 工具箱的脑部图像配准流程,可以将一个参考脑图像(brain.nii.gz)与多个脑图像(brain_subjects.nii.gz)进行配准。这个流程主要步骤包括:首先用 antsRegistrationSyN.sh 命令将参考脑图像与多个脑图像进行非线性配准,生成变换矩阵 S1。然后再用 antsRegistrationSyN.sh 命令将已配准的脑图像与 b0.nii.gz 进行线性配准,生成变换矩阵 S2。最后用 antsApplyTransforms 命令将 BN.nii.gz 按照变换矩阵 S1 和 S2 进行变换,最终得到经过配准后的 nearest.nii.gz 图像。其中,-n 90 表示使用 90 个正交步长进行配准,-t sr 表示使用 SyN 正则化方法进行非线性配准,-o 表示输出文件名。-n NearestNeighbor 表示插值方法采用最近邻插值。
antsApplyTransforms -i inter.nii.gz -r b0.nii.gz -t S20GenericAffine.mat S21Warp.nii.gz -o nearest.nii.gz -n NearestNeighbor
根据您提供的信息,这是一个使用 ANTs 工具包中的 antsApplyTransforms 命令进行图像配准的命令行示例。该命令将 inter.nii.gz 与 b0.nii.gz 进行配准,使用 S20GenericAffine.mat 和 S21Warp.nii.gz 中的变换参数,输出为 nearest.nii.gz,并使用 NearestNeighbor 插值方法进行插值。
其中,-i 表示输入文件,-r 表示参考文件,-t 表示变换文件,-o 表示输出文件,-n 表示插值方法。
请注意,这个命令只是一个示例,具体的参数设置需要根据具体情况进行调整。另外,如果您需要更详细的说明,请查阅 ANTs 工具包的文档。