利用R语言,对ergm模型利用MCMC算法中的MH采样函数进行参数估计,并绘制各个参数的后验密度、迭代轨迹、自相关作用图
时间: 2024-02-03 11:11:16 浏览: 126
GERGM:用于估计广义指数随机图模型的R包
首先需要安装并加载ergm和coda包:
```r
install.packages("ergm")
install.packages("coda")
library(ergm)
library(coda)
```
然后我们可以使用ergm函数来拟合模型。这里以一个简单的网络为例:
```r
# 创建一个简单的网络
net <- matrix(c(0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,
1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0,
0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1,
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 1,
0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0), nrow = 10, ncol = 10)
# 创建一个ergm模型对象
model <- ergm(net ~ edges + mutual + gwesp(0.5))
```
现在我们可以使用MCMC函数来生成后验样本。这里我们使用MH算法进行参数估计。我们设置采样的次数为10000,丢弃前5000个样本作为燃烧期,保留后5000个样本用于后续分析。
```r
# 使用MH算法进行MCMC采样
samples <- MCMC(model, method = "MH", n = 10000, burnin = 5000)
# 将采样结果转换为mcmc对象
mcmc.samples <- as.mcmc(samples)
```
现在我们可以通过绘制图形来查看参数的后验密度、迭代轨迹和自相关作用图。首先,我们可以使用densityplot函数来绘制后验密度图:
```r
densityplot(mcmc.samples)
```
接下来,我们可以使用traceplot函数来绘制迭代轨迹:
```r
traceplot(mcmc.samples)
```
最后,我们可以使用autocorr.plot函数来绘制自相关作用图:
```r
autocorr.plot(mcmc.samples)
```
通过这些图形,我们可以对模型参数的后验分布、收敛情况和自相关性进行初步的分析。
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