def outfile(p_data: dict, p_outfilePath): for k, v in p_data.items(): outfile = os.path.join(p_outfilePath, k) outfile = outfile + '.csv' with open(file=outfile, mode='w+', encoding='utf8') as f: for v1 in v: 是什么意思
时间: 2024-04-29 11:19:48 浏览: 6
这段代码定义了一个名为 `outfile` 的函数,接受两个参数 `p_data` 和 `p_outfilePath`。`p_data` 是一个字典,其中每个键(key)对应一个值(value),每个值是一个列表。`p_outfilePath` 是一个字符串,表示输出文件的路径。
函数的作用是将 `p_data` 中的数据写入到以 `k` 为文件名的 CSV 文件中,其中 `k` 是 `p_data` 中的每个键。具体地,函数使用 `os.path.join()` 方法将 `p_outfilePath` 与 `k` 连接起来,得到输出文件的完整路径,并将其命名为 `outfile`。然后,函数使用 `open()` 函数打开 `outfile` 文件,以写入('w+')和 UTF-8 编码('utf8')模式打开文件对象,并将文件对象存储在变量 `f` 中。接着,函数使用 `for` 循环遍历 `v` 列表中的每个元素 `v1`,并将其写入到 `f` 文件对象中。最终,`outfile` 函数将生成一个包含 `p_data` 中所有数据的 CSV 文件,文件名为 `k.csv`,并将其保存到 `p_outfilePath` 路径下。
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def fileProcess(p_filepath, p_filename, p_outfilepath): dic_file = {} file = os.path.join(p_filepath, p_filename) with open(file=file, mode='r+', encoding=getcoding(file)) as f: lines = f.readlines() for line in lines: outfilenm = line.split('"')[1] + '-' + p_filename.split('.')[0] dic_file.setdefault(outfilenm) outdata = '"' + line.split('"')[3].replace('##', '","') + '"\n' if dic_file.get(outfilenm) is None: data = [] data.append(outdata) dic_file[outfilenm] = data else: dic_file[outfilenm].append(outdata) outfile(p_data=dic_file, p_outfilePath=p_outfilepath)是什么意思
这段代码是一个Python函数,名为fileProcess,它接收三个参数:p_filepath表示文件所在的路径,p_filename表示文件名,p_outfilepath表示输出文件的路径。该函数的作用是读取一个文件的内容,将其转换为指定格式的数据,并将处理后的数据输出到指定的文件中。具体实现过程如下:
1. 首先定义一个空字典dic_file,用于存储处理后的数据。
2. 使用os.path.join函数将p_filepath和p_filename拼接成文件的完整路径,并使用open函数打开文件。
3. 使用readlines函数读取文件中的所有行,并使用for循环遍历每一行。
4. 对于每一行,使用split函数将其按照双引号分割成多个部分,其中第二个部分为outfilenm,表示输出文件名,由当前行中的第一个双引号和第二个双引号之间的部分构成,同时加上原文件名的前缀,以避免输出文件名重复。
5. 使用setdefault函数将outfilenm添加到dic_file字典中,并设置其对应的值为空列表,如果outfilenm已经存在于字典中,则不进行任何操作。
6. 将第四部分之后的部分按照双引号分割成多个部分,用逗号将其连接起来,并用双引号将其包围,得到outdata,表示输出数据。
7. 如果当前outfilenm对应的值在dic_file中为None,则将outdata添加到data列表中,并将data列表设置为该outfilenm的值。
8. 如果当前outfilenm对应的值在dic_file中已经存在,则将outdata添加到该outfilenm对应的列表中。
9. 最后调用outfile函数将处理后的数据输出到指定的文件中。
import argparse import numpy as np from openeye import oechem def clear_stereochemistry(mol): clear_atom_stereochemistry(mol) clear_bond_sterochemistry(mol) oechem.OESuppressHydrogens(mol, False, False, False) def clear_atom_stereochemistry(mol): for atom in mol.GetAtoms(): chiral = atom.IsChiral() stereo = oechem.OEAtomStereo_Undefined v = [] for nbr in atom.GetAtoms(): v.append(nbr) if atom.HasStereoSpecified(oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral): stereo = atom.GetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral) if chiral or stereo != oechem.OEAtomStereo_Undefined: atom.SetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral, oechem.OEAtomStereo_Undefined) def clear_bond_sterochemistry(mol): for bond in mol.GetBonds(): if bond.HasStereoSpecified(oechem.OEBondStereo_CisTrans): for atomB in bond.GetBgn().GetAtoms(): if atomB == bond.GetEnd(): continue for atomE in bond.GetEnd().GetAtoms(): if atomE == bond.GetBgn(): continue v = [] v.append(atomB) v.append(atomE) stereo = bond.SetStereo(v, oechem.OEBondStereo_CisTrans, oechem.OEBondStereo_Undefined) def abs_smi(x): mol = oechem.OEGraphMol() if oechem.OESmilesToMol(mol, x): clear_stereochemistry(mol) return oechem.OEMolToSmiles(mol) else: return np.nan if __name__ == '__main__': parser = argparse.ArgumentParser(description="Remove stereochemistry from the input data set.") parser.add_argument("--in",dest="infile",help="whitespace-delimited input file",metavar="in.csv") parser.add_argument("--out", dest="outfile", help="output file", metavar="out.csv") args = parser.parse_args() n=0 with open(args.infile, 'r') as ifs: with open(args.outfile, 'w') as ofs: for line in ifs: if n==0: ofs.write(line) n=1 else: parsed = line.strip().split(',') if ('.' not in parsed[0]): ofs.write(f"{abs_smi(parsed[0])},{parsed[1]}\n")
这段代码是一个用于清除分子中立体化学信息的 Python 脚本。它使用了 OpenEye 包中的 oechem 模块来操作分子,并可以通过命令行参数指定输入输出文件。
脚本的主要功能在于定义了三个函数:`clear_stereochemistry`、`clear_atom_stereochemistry` 和 `clear_bond_sterochemistry`,它们分别用于清除分子中的原子立体信息、键立体信息和所有立体信息。这些函数都是通过遍历分子的原子和键,检查是否存在立体信息并将其清除来实现的。
另外,脚本还定义了一个名为 `abs_smi` 的函数,该函数将 SMILES 格式的分子字符串作为输入,并返回一个没有立体信息的 SMILES 字符串。它首先将输入的 SMILES 字符串转换为分子对象,然后调用之前定义的 `clear_stereochemistry` 函数清除立体信息,最后将分子对象转换回 SMILES 格式并返回。
在 `if __name__ == '__main__':` 语句块中,脚本使用 argparse 模块解析命令行参数,然后打开输入文件读取数据并将结果写入输出文件。对于每一行数据,脚本使用 `abs_smi` 函数先清除分子中的立体信息,然后将处理后的 SMILES 字符串写入输出文件。