dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers

这个错误是因为在使用DESeq2的DESeqDataSetFromMatrix函数时，输入的countData必须是整数型的。根据错误提示，你的countData中可能包含了非整数的值。

要解决这个问题，你可以使用round函数将countData中的值舍入为整数。请尝试以下代码：

ABC <- round(ABC)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC, colData = group, design = ~dex)

这样，你将会将ABC中的数值舍入为整数，并将其作为整数型的countData输入到DESeqDataSetFromMatrix函数中。

如果你的countData本身就是整数型的，那么可能是其他原因导致了这个错误。在这种情况下，请检查你的数据是否符合DESeq2的要求，并确保输入的参数正确。

如果还有其他问题，请随时提问。

相关问题

library(DESeq2) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex)Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers

根据错误信息，DESeq2函数中的countData参数要求输入的数据为整数类型。根据你提供的错误信息，可以推断你的ABC_1数据框中包含了非整数的数据。

为了解决这个问题，你可以将ABC_1数据框中的数据转换为整数类型。你可以使用`as.integer()`函数将数据转换为整数。请注意，转换前应确保数据不包含缺失值或其他非数值的值。

以下是可能的解决方案：

ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer))
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex)

在这里，我们使用`sapply()`函数将ABC_1数据框中的每一列都转换为整数类型，并将结果重新赋值给ABC_1数据框。然后，我们再次尝试使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建dds对象。

如果你的数据包含缺失值或其他非数值的值，你可能需要在转换之前对数据进行预处理，例如填充缺失值或删除非数值的行。

希望这能帮到你！如果还有其他问题，请随时提问。

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat) Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers

这 error 是因为 `countData` 中的一些值不是整数，DESeq2 需要读入的是整数 count 数据。你可以使用 `round()` 函数将浮点数四舍五入为整数，或者使用 `as.integer()` 函数将浮点数强制转换为整数。你可以尝试以下代码：

data <- round(data)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat)

或者：

data <- as.integer(data)
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = data, colData = group_list, design = ~ stat)

希望能帮到你！