dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) dds<-DESeq(dds) res<-result(dds) head(res) class(res) res_1<-data.frame(res) dds<-DESeq(dds) estimating size factors estimating dispersions gene-wise dispersion estimates mean-dispersion relationship final dispersion estimates fitting model and testing > res<-result(dds) Error in result(dds) : could not find function "result" >
时间: 2024-04-10 09:34:39 浏览: 133
根据你提供的代码和错误信息,`result()`函数在DESeq2包中是不存在的。正确的函数是`results()`,用于从DESeq对象中提取差异表达结果。
以下是修正后的代码:
```R
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~ dex)
dds <- DESeq(dds)
res <- results(dds)
head(res)
class(res)
res_1 <- data.frame(res)
```
在这里,我们首先使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建dds对象,然后使用DESeq函数对dds对象进行差异表达分析。接下来,我们使用results函数从DESeq对象中提取差异表达结果,并输出结果的前几行。最后,我们将结果转换为数据框格式。
希望这次能帮到你!如果还有其他问题,请随时提问。
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getwd() ABC <- read.csv("D:/大一/科研/AB/ABC.csv") head(ABC) dim(ABC) ABC_subset <- ABC[, sapply(ABC, is.numeric)] ABC_1 <- ABC[rowSums(ABC_subset) != 0, ] dim(ABC_1) group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group colnames(ABC_1) == group$id library(DESeq2) ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) group$id<- as.factor(group$id) group$dex<- as.factor(group$dex) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) dds<-DESeq(dds) res<-results(dds) head(res) class(res) res_1<-data.frame(res) class(res_1) head(res_1) write.csv(res_1,file="D:/大一/科研/AB/final result.csv") colnames(ABC_1) == group$id [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Warning message: In colnames(ABC_1) == group$id : longer object length is not a multiple of shorter object length > library(DESeq2) > ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer)) Warning message: In lapply(X = X, FUN = FUN, ...) : NAs introduced by coercion > group$id<- as.factor(group$id) > group$dex<- as.factor(group$dex) > dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE
根据错误信息,显示在创建`DESeqDataSet`对象时发生了错误。错误信息是"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"。
这意味着你的计数数据和元数据的列数不匹配。`countData`应该是一个矩阵或数据框,其中的列数应该与`colData`的行数相匹配。
为了解决这个问题,你需要检查一下`ABC_1`和`group`数据框的列数是否一致。确保它们具有相同的列数。
你可以使用以下代码检查列数:
```R
ncol(ABC_1)
ncol(group)
```
如果它们的列数不一致,你需要确保它们具有相同的列数才能创建`DESeqDataSet`对象。
如果还有其他问题,请随时提问。
group <- read_csv("D:/大一/科研/AB/group.csv") group colnames(ABC_1) == group$id library(DESeq2) dds<- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex)colnames(ABC_1) == group$id [1] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE Warning message: In colnames(ABC_1) == group$id : longer object length is not a multiple of shorter object length > library(DESeq2) > dds<- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE
根据你提供的代码和错误信息,我看到了两个问题。
首先,警告信息"longer object length is not a multiple of shorter object length"是由于你尝试比较`colnames(ABC_1)`和`group$id`的长度不一致导致的。这意味着ABC_1数据框的列数与group数据框中的元素数量不匹配。请确保两者的长度相同。
其次,错误信息"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"是由于你尝试将不匹配的数据传递给DESeqDataSetFromMatrix函数中的countData和colData参数。
为了解决这些问题,你需要确保ABC_1数据框的列数与group数据框中的元素数量相匹配,并且正确地指定countData和colData参数。
假设ABC_1数据框包含基因计数数据,而group数据框包含与每个样本相关的注释信息(包括"id"列),你可以按照以下方式修改代码:
```R
colData <- group[, c("id", "other_column1", "other_column2")]
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = as.matrix(ABC_1), colData = colData, design = ~ dex)
```
在这里,我假设除了"id"列之外,你还有其他列包含样本的注释信息。你可以根据实际情况修改"other_column1"和"other_column2"来指定你的注释信息所在的列名。
请注意,使用`as.matrix()`函数将ABC_1数据框转换为矩阵,以满足DESeq2中countData参数的要求。
如果你还有其他问题,请随时提问。
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