dds <- DESeqDataSetFromMatrix(rownames=file,countData=ABC_1,colData=group,design=~dex) Error in SummarizedExperiment(assays = SimpleList(counts = countData), : unused argument (rownames = list(c("Ifit1bl1", "Pacsin1", "Penk", "Gpr146", "S1pr4", "Nxpe4", "Cxcr5", "Rag1", "Hlf", "Mus_musculus_newGene_4193", "Asb2", "Prkcz", "Rgs11", "Slc22a15", "Fgl2", "Cnn2", "H2-DMa", "Gbp5", "Batf3", "Traf5", "Igfbp7", "Mus_musculus_newGene_3992", "Aldh1a2", "Mus_musculus_newGene_469", "Mus_musculus_newGene_5293", "Vdr", "Bgn", "Car5b", "Lyz1", "Parp3", "F2r", "Tnfrsf21", "Enpp1", "Gramd3", "Cd274", "Mus_musculus_newGene_4443", "Mus_musculus_newGene_4440", "Mus_musculus_newGene_4447", "Mus_musculus_newGene_4446", "Mus_musculus_newGene_4445", "Mus_musculus_newGene_4449", "Tnfsf8", "Lmntd2", "Ms4a4c", "Ms4a6b", "Cd6", "ENSMUSG00000107877", "Slc28a2b", "Xaf1", "Cdkn2a", "Lama5", "Zbtb4", "Lzts2", "Sema4f", "Usp18", "Bhlhe40", "Icos", "Cst7", "Tfeb", "Srd5a1", "Glrx", "Maoa", "Id2", "Rsad2", "Sting1", "Ifi214", "Sdhaf1", "Ldhd", "Card6", "Mus_musculus_newGene_4344", "Mus_musculus_newGene_4345", "Mus_musculus_newGene_4346", "Mus_musculus_newGene_4347",

根据你提供的代码，出现了一个错误。错误信息是"unused argument (rownames = list(...))"，意味着在创建 `DESeqDataSetFromMatrix` 对象时使用了一个未使用的参数 `rownames`。

`DESeqDataSetFromMatrix` 函数不接受 `rownames` 参数。可能是因为你尝试将行名传递给了 `rownames` 参数，但实际上 `DESeqDataSetFromMatrix` 函数不需要显式指定行名。

要正确使用 `DESeqDataSetFromMatrix` 函数，请参考以下示例代码：

dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~ dex)

在这个示例中，我们只传递了必需的参数 `countData`、`colData` 和 `design`。确保 `ABC_1` 是一个数值型矩阵，`group` 是一个包含样本信息的数据框，`dex` 是表示设计的因子变量。

如果还有其他问题，请随时提问。

相关问题

library(DESeq2) dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=ABC_1,colData=group,design=~dex)Error in DESeqDataSet(se, design = design, ignoreRank) : some values in assay are not integers

根据错误信息，DESeq2函数中的countData参数要求输入的数据为整数类型。根据你提供的错误信息，可以推断你的ABC_1数据框中包含了非整数的数据。

为了解决这个问题，你可以将ABC_1数据框中的数据转换为整数类型。你可以使用`as.integer()`函数将数据转换为整数。请注意，转换前应确保数据不包含缺失值或其他非数值的值。

以下是可能的解决方案：

ABC_1 <- as.data.frame(sapply(ABC_1, as.integer))
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC_1, colData = group, design = ~dex)

在这里，我们使用`sapply()`函数将ABC_1数据框中的每一列都转换为整数类型，并将结果重新赋值给ABC_1数据框。然后，我们再次尝试使用DESeqDataSetFromMatrix函数创建dds对象。

如果你的数据包含缺失值或其他非数值的值，你可能需要在转换之前对数据进行预处理，例如填充缺失值或删除非数值的行。

希望这能帮到你！如果还有其他问题，请随时提问。

dds<- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC, colData=colData, design=~dex) Error in DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC, colData = colData, design = ~dex) : 不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE

根据你提供的代码，出现了一个错误。错误信息是"不是所有的ncol(countData) == nrow(colData)都是TRUE"，意味着 `countData` 和 `colData` 的维度不匹配。

在使用 `DESeqDataSetFromMatrix()` 函数时，需要确保输入的 `countData` 矩阵的列数与 `colData` 数据框的行数相匹配。

要解决这个问题，你可以检查 `countData` 和 `colData` 的维度，并确保它们相匹配。以下是一个示例代码：

# 检查 countData 和 colData 的维度
if (ncol(ABC) == nrow(colData)) {
  # 创建 DESeqDataSet 对象
  dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData = ABC, colData = colData, design = ~ dex)
} else {
  # 处理维度不匹配的情况
  # ...
}

请确保在示例代码中，`ABC` 是一个正确的 count 数据矩阵，并且 `colData` 是一个匹配的数据框。如果还有其他问题，请随时提问。