model_TV01_All.cause_new <- glm(All.cause ~ TV01+ basis.tmean + ns(RH,df=3) +ns(time, 12* 6)+as.factor(DOW), family=quasipoisson(), data_cd)这个模型中怎么计算TV的RR值
时间: 2024-02-14 10:31:31 浏览: 195
在这个模型中,TV(电视观看时间)的RR(相对风险)值可以通过以下步骤计算:
1. 首先,使用`summary()`函数来获取模型的摘要信息:`summary(model_TV01_All.cause_new)`
2. 在摘要信息中,找到与TV01相关的系数的估计值(Estimate)。这个估计值表示单位TV观看时间对All.cause(总死亡原因)的相对风险的变化。
3. 将该估计值指数化(取指数),得到相对风险比(Relative Risk Ratio)。这个值表示单位TV观看时间增加时,All.cause的相对风险相较于基线情况的变化。
请注意,这个计算是基于使用了广义线性模型(GLM)中的quasipoisson分布家族进行拟合的情况。如果你使用了其他的拟合方法或模型家族,计算RR值的方法可能会有所不同。
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> model_TV01_All.cause_new <- glm(All.cause ~ TV01+ basis.tmean + ns(RH,df=3) + +ns(time, 8* 6)+as.factor(DOW), + family=quasipoisson(),subset=season=="hot", data) Error in `contrasts<-`(`*tmp*`, value = contr.funs[1 + isOF[nn]]) : 对比只适用于有两个或多于两个层次的因子
这个错误是由于在执行glm函数时,对一个具有多个层次的因子应用了对比操作。对比只适用于具有两个或多个层次的因子。可能是在数据集中的某个因子有太少的层次,导致无法进行对比操作。你可以检查一下数据集中的因子变量,确保每个因子都有至少两个不同的层次。如果有某个因子只有一个层次,可以考虑将其转换为数值型变量或者合并其层次以解决这个问题。
library(dlnm);library(splines); range <- range(data$tmean,na.rm=T) nknots<-3 # Number of knots for temperature nlagknots<-2 # Number of knots for lag ktmean <- range[1] + (range[2]-range[1])/(nknots+1)*1:nknots # Knots for temperature klag<-c(1.4,5.5) # Knots for lag basis.tmean <- crossbasis(data$tmean,lag=21,argvar=list(fun="ns",knots=ktmean), arglag=list(fun="ns",knots=klag)) summary(basis.tmean)\n model_TV01_All.cause_new <- glm(All.cause ~ ns(TV07,3)+ season2 + interaction_term_TV01 + basis.tmean + ns(RH,df=3) +ns(time, 8* 6)+as.factor(DOW), family=quasipoisson(), data) 我要绘制这个模型的TV07这个变量单独对于All.cause的coefficient效应图怎么画
要绘制模型中TV07变量单独对于All.cause的系数效应图,你可以使用`visreg`包来实现。以下是一个示例代码:
```R
# 安装并加载visreg包
install.packages("visreg")
library(visreg)
# 提取TV07变量的效应
effect <- visreg(model_TV01_All.cause_new, "TV07")
# 绘制TV07变量的效应图
plot(effect, col = "blue", lwd = 2, xlab = "TV07", ylab = "All.cause", main = "Effect of TV07 on All.cause")
```
在上述代码中,我们假设你已经拟合了一个glm模型,并将其命名为`model_TV01_All.cause_new`。然后,我们使用`visreg()`函数提取TV07变量的效应。最后,我们使用`plot()`函数绘制TV07变量的效应图。
请注意,你需要根据你的实际模型名称进行相应的修改。
希望这个回答对你有帮助!如果你有其他问题,请随时提问。
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