[blastn] Examining 5 or more matches is recommended

当运行`blastn`程序时，如果出现`Examining 5 or more matches is recommended`的提示，说明Blast程序检测到了多个序列之间存在比对的可能性，建议用户检查这些序列之间的相似性，以确定是否需要进一步比对。

这个提示的意思是，Blast程序发现了多个序列之间的匹配，但是默认情况下只会显示前5个匹配结果。如果需要查看所有的匹配结果，可以增加`-num_descriptions`参数，比如`-num_descriptions 50`表示显示前50个匹配结果。当然，如果比对的数据集比较大，同时需要查看多个匹配结果，可能会导致比对时间较长，因此需要根据实际情况进行权衡。

需要注意的是，这个提示并不意味着比对结果一定是正确的，有可能存在误匹配或者漏报的情况，需要用户进行进一步的验证和分析。

相关问题

linux blastn

### 安装BLAST+

为了在Linux环境中安装并使用`blastn`工具，需先下载NCBI BLAST+软件包。通过终端进入指定目录，例如 `/home/software` ，确保该路径具有“可读可写可执行”的权限：

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.16.0+-x64-linux.tar.gz.md5

接着解压已下载的压缩文件，并设置环境变量以便于全局调用BLAST+命令[^2]。

假设解压后的文件位于 `/home/software/ncbi-blast-2.16.0+` 目录内，则可以通过编辑用户的shell配置文件（如`.bashrc` 或 `.zshrc`），添加如下行来设定环境变量：

export PATH=/home/software/ncbi-blast-2.16.0+:$PATH

完成上述操作之后，重新加载Shell配置文件使更改生效:

source ~/.bashrc  # 如果使用的不是bash，请替换为相应的shell配置文件名称

此时应该可以在任何地方直接输入 `blastn` 命令来进行查询了。

### 构建本地数据库

对于想要利用自定义的数据集作为参考库的情况，可以按照以下方式创建一个新的BLAST数据库。首先建立用于存储FASTA格式序列文件的新文件夹，比如命名为 `bio-db` :

mkdir bio-db
cp xxxxx.fasta bio-db/
cd bio-db

随后运用 `makeblastdb` 工具基于这些Fasta文件构建索引化的数据库：

makeblastdb -in xxxxx.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out A9.fasta -logfile A9.txt

此命令中的 `-dbtype nucl` 表明正在处理的是核苷酸而非蛋白质序列；而 `-parse_seqids` 参数允许解析更复杂的ID标签结构，方便后续检索时匹配特定条目[^3][^4]。

### 执行blastn搜索

一旦准备就绪，就可以启动实际的相似度查找过程了。基本语法如下所示：

blastn -query query_sequence.fa -db target_database -out output_results.out

其中 `-query` 后面跟待分析的目标序列文件名，`-db` 指定之前已经准备好或在线获取的标准数据库位置，最后由 `-out` 设定输出结果保存的位置与命名。

blastn对比核酸的代码以及参数

Blastn是NCBI提供的一个用于比较核酸序列的工具，它是BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）系列软件之一。在编程中，可以使用命令行或者通过编程语言的API调用来执行blastn操作。

以下是一个简单的blastn命令行示例，用于比较两个核酸序列文件：

blastn -query query.fasta -subject subject.fasta -out output.txt

在这个示例中：
- `-query` 指定了查询序列文件（query.fasta）。
- `-subject` 指定了目标序列文件（subject.fasta）。
- `-out` 指定了输出文件（output.txt），其中包含了比较结果。

blastn有很多可选参数，用于调整比较的细节。以下是一些常用的blastn参数：
- `-evalue`：期望值（E-value），用于评估比对结果的统计意义。
- `-word_size`：用于初始快速搜索的词（word）的大小。
- `-gapopen` 和 `-gapextend`：分别设置序列间隙的开启和扩展惩罚。
- `-perc_identity`：比对序列之间的最小百分比同一性。
- `-max_target_seq`：在输出结果中包含的最大目标序列数。

请注意，为了使用blastn，你需要访问NCBI提供的BLAST服务或在本地安装相应的BLAST软件包。