Error in .local(x, letters, OR, as.prob, ...) : argument "letters" is missing, with no default >

这个错误通常是因为 letterFrequency 函数调用时缺少了必需的参数 "letters"。letterFrequency 函数需要两个必需的参数：一个包含序列的字符向量和一个包含氨基酸字母的字符向量。

以下是一个示例，展示如何使用 letterFrequency 函数来计算序列中每种氨基酸的频率：

library(seqinr)

# 定义一个序列
seq <- "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP"

# 计算序列中每种氨基酸的频率
freq <- letterFrequency(seq, letters = aminoacids)

# 打印每种氨基酸的频率
print(freq)

在上述示例中，我们首先定义了一个序列 "MSRSLLLRFLLFLLLLPPLP"，然后使用 letterFrequency 函数计算了该序列中每种氨基酸的频率。注意，在调用 letterFrequency 函数时，我们指定了 letters 参数为 aminoacids，这是一个包含氨基酸字母的字符向量。如果你没有定义 aminoacids 向量，你需要在调用 letterFrequency 函数之前先定义它，例如：

aminoacids <- c("A", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "K", "L", "M", "N",
                "P", "Q", "R", "S", "T", "V", "W", "Y")

请注意，如果你使用的序列包含非标准氨基酸或其他字符，letterFrequency 函数可能会抛出其他类型的错误。因此，在使用该函数之前，最好先检查你的序列是否符合要求。